小麦叶片蛋白质组的2D-LC分离及Nano LC-MS_MS分析.pdfVIP

中国农业科学 2009,42(3):772-780 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2009.03.003 小麦叶片蛋白质组的2D-LC分离及Nano LC-MS/MS分析 1,2 2 2 2 3 1 刘 静 ，潘映红 ，徐 琴 ，罗 继 ，徐世昌 ，赵奎军 1 2 （东北农业大学农学院，哈尔滨 150030 ； 中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程，北京 100081 ； 3 中国农业科学院植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室，北京 100193） 摘要：【目的】二维液相色谱（2D-LC）与双向电泳（2-DE）技术具有互补性，本文旨在探讨利用2D-LC和纳 升级液相色谱串联质谱（Nano LC-MS/MS）技术分离鉴定小麦叶片蛋白质组的新方法。【方法】小麦叶片蛋白经提 取、脱盐后，进行第一维阴离子交换分离；收集洗脱组分进行SDS分析，并对非高丰度蛋白组分进行第二维 反相液相色谱分离；随机选择含较低吸收峰的部分组分经胰蛋白酶水解后进行Nano LC-MS/MS 分析；将串联质谱 数据通过 MASCOT 搜索 NCBInr 和 EST 数据库，并对二级质谱获得的蛋白序列进行 MS BLAST 分析。【结果】经第一 维阴离子交换色谱分离，收集得到 15 个组分，其中第 15 组分包含小麦叶片丰度最高的蛋白—— 1,5-二磷酸核酮 糖羧化酶/加氧酶（RuBisCO）；其余14个组分经反相液相色谱分离，共收集1 551个组分，获得1 867 个色谱峰； 随机对其中6 个含较低吸收峰的收集组分酶解和Nano LC-MS/MS 检测，9种蛋白得到鉴定。【结论】结果初步表明， 利用 2D-LC 和 Nano LC-MS/MS 技术可有效地分离和鉴定小麦叶片蛋白质组，为更深入全面地研究小麦叶片蛋白质 组奠定基础。 关键词：蛋白质组学；小麦叶片；二维液相色谱；纳升级液相色谱串联质谱 Separation and Analysis of Wheat Leaf Proteome by Combination of 2D-LC and Nano LC-MS/MS 1,2 2 2 2 3 1 LIU Jing , PAN Ying-hong , XU Qin , LUO Ji , XU Shi-chang , ZHAO Kui-jun 1 2 ( College of Agronomy, Northeast Agricultural University, Haerbin 150030; The National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement (FCRI), Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081; 3State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests, Institute of Plant Protection, Chinese Academy of Ag