芝麻发育转录组分析.pdfVIP

中国农业科学 2012,45(7): 1246-1256 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.07.002 芝麻发育转录组分析 魏利斌，苗红梅，张海洋 （河南省农业科学院河南省芝麻研究中心，郑州 450002 ） 摘要：【目的】系统了解芝麻发育及种子形成转录组特征，丰富芝麻转录组数据信息。【方法】选用6 份芝麻 样品（5个不同芝麻品种的完整植株、1份不同发育阶段的芝麻籽粒），构建转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq 双端测序及生物信息学分析。【结果】共获得原始数据12.69 Gb，有效数据8.80 Gb。通过de novo 拼接获得了长 度大于 100 bp 的转录物 26 837 条 （http://www. /genbank/TSA.html，登录号：JP631635— JP668414）；转录物总长度18.35 Mb，平均长度683 bp，N50 长度1 006 bp。转录物注释结果显示，25 331 条转 录物序列具有同源比对信息；1 506 条转录物序列无匹配（no hits）序列信息，可能为芝麻特有的基因序列。采 用COG、GO 功能分类工具可将已注释转录物序列划分为24 个或42 个功能类别，共涉及物质及能量代谢、信号传 导、转录调控及防卫反应等诸多生理生化过程。通过比较不同材料间转录物序列及表达水平，初步确定 1 277 条 序列在种子形成过程中表达量下调 10 倍以上，990 条序列仅在芝麻植株中表达而未在籽粒中表达；660 条序列 在种子形成过程中表达量上调 10 倍以上，296 条序列可能与种子形成特异相关。【结论】利用高通量测序技术 对芝麻野生种和不同栽培种现蕾期植株以及种子形成过程的转录组进行研究，揭示了芝麻发育转录组的整体表 达特征，在得到大量芝麻转录组unigene 序列的同时，获得了一批在芝麻生长发育及籽粒形成过程中有重要功 能的基因序列。为深入开展芝麻生长发育、籽粒发育相关基因功能及调控以及芝麻分子标记开发等研究提供了 丰富的数据资源。 关键词：芝麻；发育；转录组测序；生物信息学分析 Transcriptomic Analysis of Sesame Development WEI Li-bin, MIAO Hong-mei, ZHANG Hai-yang (Henan Sesame Research Center, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou 450002 ) Abstract: 【Objective 】 To enrich sesame transcriptome data, the transcriptome sequencing and bioinforamtics analysis on sesame growth and development and seed formation processes were performed in this study. 【Method 】 Six transcriptome sequencing libraries for developing sesame plants and seeds were constructed and sequenced using Illumina RNA sequencing technique, and the global transcriptome information was analyzed subsequently. 【Result 】8.80 Gb available trancriptome data were acquire