生物信息学软件的使用分析.ppt

生物信息学软件及使用方法 生物信息学软件分类 单机分析软件 在线分析软件 生物学数据库 生物信息学软件的意义 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。 用计算机管理实验数据。 生物学软件常用功能(核酸类） DNA序列片断拼接 分析mRNA开放阅读框 PCR引物设计 核酸序列的比对 系统发生树的构建 生物学软件常用功能（蛋白类） 蛋白一级结构分析（氨基酸分析） 蛋白二级结构分析（结构域分析） 蛋白三级结构分析（空间结构分析） 一、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆） 获得感兴趣的EST，在EST数据库中找出目标EST的最有效的途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。 然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样序列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。 常用的序列拼接软件：DNAMAN、Sequencher、DNAstar DNAMAN的使用方法 DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件,可以用于多重序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等,几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。 Sequencher4.2的使用方法 Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具而众所周知。 Sequencher 主要被用于许多不同的 DNA 序列分析应用方面，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等。 开放阅读框的预测 分析步骤 获得尽量长的mRNA序列。 分析可能的读框（六种）。 软件：基因探索者， Omiga 等。 在线:（/gorf/gorf.html） 选取最可能的一种。看是否符合各种条件。 开放阅读框的在线预测 PCR 引物设计 引物设计的原则 引物要跟模板紧密结合； 引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在； 引物不能在别的非目的位点引起高效DNA聚合反应(即错配)。 引物设计需要考虑的因素 引物长度（primer length）， 产物长度（product length）， 序列Tm值 (melting temperature)， ΔG值(internal stability)， 引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin）， 错误引发位点（false priming site）， 引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。 引物设计要点 一般引物的长度为18-30bp，常用的长度为20-24bp，过长或过短都不合适。 引物3’端的碱基一般不用A，因为A在错误引发位点的引发效率相对比较高，而其它三种碱基的错误引发效率相对小一些。 引物的GC含量一般为45-55%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 引物所对应模板序列的Tm值最好在50-70℃之间，当然由于模板序列本身的组成决定其Tm值可能偏低或偏高，可根据具体情况灵活运用。 引物设计要点 ΔG值反映了引物与模板结合的强弱程度，也是一个重要的引物评价指标。 其原理，引物与模板应具有较高的结合能量，这样有利于引物与模板序列的整合，因此5’端与中间段的ΔG值应较高，而3’端ΔG值影响DNA聚合酶对模板DNA的解链，过高则不利于这一步骤。 引物二聚体及发夹结构的能量一般不要超过4.5，否则容易产生引物二聚体带，且会降低引物浓度从而导致PCR正常反应不能进行。 关于引物的自动搜索和评价分析 推荐使用自动搜索软件： Primer Premier 5.0 用于实时定量的引物设计软件： Beacon Designer 7.0 primer premier5.0 primer premier5.0 是一种用来设计引物的应用软件 利用它的高级引物搜索引物数据库，可以做引物设计、引物编辑和分析等功能。 该软件主要由以下四个功能板块组成 1.Primer 引物设计 2.Align 序列比较 3.Enzyme 酶切分析 4.Motif 基序分析 到此,一对引物就设计好了. 这个软件不止是设计引物,它还可以做限制性内切酶分析等。 实时定量引物的设计 Beacon Designer是一款实时荧光定量PCR分子信标（Molecular Beacon）及TaqMan探针设