第九届生物多样性会议,R统计在生态学和生物多样性研究中的应用专题摘要(暂短)要点.doc

R 统计在生态学和生物多样性研究中的应用专题 召集人： 赖江山 牛克昌 一、报告人 报告题目 时间 报告人 报告时间 单位 R语言历史、发展和现状 15分钟 赖江山 3日晚6:30-6:45 中科院植物所 R的基本用法与做图 50分钟 牛克昌 3日晚6:45-7:35 北京大学 用R做贝叶斯分析 50分钟 储成进 3日晚7:35-8:25 兰州大学 R语言在地统计学中的应用 50分钟 原作强 3日晚8:25-9:15 中科院沈阳生态所 基于R的多元统计分析 50分钟 赖江山 4日晚6:30-7:20 中科院植物所 基于R的混合效应模型的应用 50分钟 陈磊 4日晚7:20-8:10 中科院植物所 基于R的系统发育分析 50分钟 张金龙 4日晚8:10-9:00 中科院植物所 二、摘要： R语言历史、发展和现状 赖江山 （中国科学院植物研究所生物多样性与生物安全研究组） R语言是一个用于统计计算和统计制图的优秀软件，与著名的统计编程语言S有着密切的关系。20世纪90年代早期，新西兰奥克兰大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka两位学者按照S语言的规范开始开发R，并将R作为一个自由软件进行发布。尽管R语言历史不长，但以其开源、自由、免费等特点已经风靡全球。目前用R作为统计工具的科技论文成指数级增长。从2004年起至今（2005年除外），R开发团队每年都会举办一次R的国际会议，参会者和报告人数不断增加。R也有其刊物“R News”，创办于2001年，自2009年起，“R News”将更名为“The R Journal”。 中国人民大学统计系就R语言在国内推广做了很多贡献，比如多次举办R的全国会议，开办统计之都论坛(/cn/)R的版块，翻译多本R的中文教程并免费放在网站供下载。 国内生态学及生物多样性研究人员认识R和使用R历史并不长。普兰塔论坛及中国科学院生物多样性委员会为R在生态学界的推广应用做了不少工作。曾多次举办R的培训班，包括在本届研讨会设立R的专题等等。R语言也逐步受到国内生态学工作者，特别是青年学者和研究生们的青睐。希望本专题的推广，让更多参会者了解R语言，并利用它在统计分析上的优势为自己的专业问题提供灵活的解答。  R软件在生态学和生物多样性研究中的应用简介 牛克昌 （北京大学 城市与环境学院生态学系） 近年来随着数据分析方法和数学模型在生态学和生物多样性研究中的迅速发展，传统的统计软件已经很难满足迅速发展的数据分析要求。R 软件发展十年，以其灵活、开放、易于掌握、免费等诸多优点，在生态学和生物多样性研究领域，迅速赢得研究者们的青睐。然而，R软件在国内生态学和生物多样性研究中的应用还相对较少。很多初学者因R需要输入命令并做些简单编程，而望而却步。为此，本文从R软件的发展入手，深入浅出地简单介绍了R的常用命令、失量赋值和运算、数据录入和管理以及结果输出等基本操作。进而用R软件举例介绍了生态学和生物多样性研究中常用的数据分布、方差分析、线性模型和最大似然估计等数据分析方法。并重点介绍了生态学和生物多样性研究中常用的sem、smatr、ade4、vegan、ape、untb、bidiversityR等一些程序包的命令、用法和应用前景。R软件的迅速流行不仅仅是因为它在数据分析上的强大和灵活，更重要的是它可以将数据分析和作图展现集成于一体，输出高质量图片。为此，本文以Paul Murrell的《R Graphics》书为篮本，重点介绍了 R的基本作图命令、方法和个性化拓展。并进一步简单介绍了用ggplot、lattice和grid等一些程序包进行高级作图方法。最后，本文也介绍了国外一些学习R的网上资源，组织结构和会议活动等。并呼吁在国内生态学和生物多样性研究中积极应用R软件。  贝叶斯推断在生态学中的应用及R2WinBUGS包介绍 储诚进 （兰州大学生命科学学院生态系） 自然系统是复杂的，统计之目的就是要从复杂的现象中发现规律，探索机制。而我们常见的频度（frequentist）统计手段尽管在生态学的发展历史上功不可没，但是许多时候都不能很好的解决自然系统复杂性问题，其将多种不确定性因子作为“噪音”（noise）包含在模型的残差中，这导致一些情况下不可解释的残差太大，严重影响了对生态学现象的深入理解。贝叶