高斯03教程版本课稿.ppt

* * * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 1 对生物活动的影响和危害； 2 对生态系统的影响. 计算法讲义 内 容 提 要 绘制构型 高斯计算 数据查找 Cp计算 建模 绘制构型 采用chemoffice2004 中的chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，见图1 。保存上述文件格式为*.cdx（系列化合物按异构体取代位置命名，以1，2，9-PCPT为例）, 如129.cdx. 一、平面坐标 绘制构型 采用chemoffice2004 中的chem3D 程序打开129.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，见图2 。保存上述文件格式为*.gjc, 如129.gjc. 二.空间坐标 绘制构型 用记事本方式打开文件129.gjc,得到化合物的空间坐标，见图3 。 三.空间坐标的获取 绘制构型 用图3中的相应坐标替换图4中的相应坐标,保存为*.txt, 如129.txt,即为高斯 计算输入文件。 四.高斯输入文件的制作 高斯计算 采用Gaussian 98程序打开高斯计算输入文件129.txt,可得到高斯计算输出文件129.out. 数据查找 以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如图5。 一.查错 数据查找 A. 用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看图6所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。 二.查找数据 数据查找 B. 查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格相应位置，见图8。 二.查找数据 数据查找 往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Total atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见图11 u:Dipole moment行，选tot值，如图12 α:Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13 二.查找数据 数据查找 C. 查找关键词zero, 如图14所示，即为ZPE值。 如图15， Sum of electronic and thermal Enthalpies后为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。 二.查找数据 数据查找 D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V. 二.查找数据 Cp计算 将高斯计算得到的输出文件 如12.out opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。 一.输入文件制作 Cp计算 把C P计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序—附件—命令提示符，输入DOS指令CD 来更改目录至C P计算程序Thermo3.exe所在目录下 ，输入：thermo3 12.out, 确认后出现“scale factor for frequency ?”,输入0.95，确认后得到C P计算输出文件THERMO.OUT ，更改文件名为12THERMO.OUT即可。 二. C P计算 建模 用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如图18所示