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* * * * * * * * 区間グラフにおける区間表現からMPQ-treeを効率よく構成するアルゴリズム 北陸先端科学技術大学院大学（ＪＡＩＳＴ） 情報科学研究科 斎藤 寿樹　 清見 礼 　 上原 隆平 発表内容 区間グラフにおける区間表現からMPQ-treeを効率よく構成するアルゴリズム 区間表現 MPQ-tree 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 区間グラフとは 1950年代後半に数学者の Haj?s と，分子生物学者の Benzer とが独立に考えたグラフクラス 区間表現をもつグラフ それぞれの区間は各頂点に対応 2つの区間が重なっている　? 　　対応する2つの頂点間に辺が存在する 1 2 3 4 I3 I1 I2 I4 0 1 2 3 4 5 6 区間グラフの応用 区間をDNAの断片や時間と考える バイオインフォマティクス スケジューリング問題など 数十万～数百万の区間を処理 高速なアルゴリズムが必要 x1: ACGGTTTA x2: ATCGGAACG x3: AACGGTTTAC x4: TTTACGTGGT 断片の文字列 x1 x2 x3 x4 区間グラフ ATCGGGAACGGTTTACGTGGT x2 x1 x3 x4 区間表現 PQ-tree 1976年にBoothらによって提案 区間グラフ用の補助データ構造 木構造(順序木) 内部ノードにはPまたはQのラベル 葉には極大クリークを割り当てる O(n)領域 区間グラフの認識(O(n+m)時間) C1 C2 C3 C4 C7 C5 C6 PQ-tree ○：Pノード □：Qノード MPQ-tree(Modified PQ-tree) 1989年にKorteらによって提案 区間グラフを表現するデータ構造 PQ-treeの改良 各ノードに頂点集合を割り当てる O(n)領域 区間グラフの認識 区間グラフの同型性判定（O(n+m)時間） MPQ-tree 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 ○：Pノード □：Qノード MPQ-tree :P-node :Q-node MPQ-tree 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 Pノード Qノード 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 区間グラフ 葉およびPノードとQノードと呼ばれる節点を持つ順序木 Qノードはセクションと呼ばれるまとまりに分割 Pノードとセクションに頂点集合を割り当てる 根から葉までのパス上に存在する頂点集合は区間グラフ上で極大クリーク 葉 MPQ-tree 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 区間グラフ 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 :P-node :Q-node MPQ-tree Qノード 葉 葉およびPノードとQノードと呼ばれる節点を持つ順序木 Qノードはセクションと呼ばれるまとまりに分割 Pノードとセクションに頂点集合を割り当てる 根から葉までのパス上に存在する頂点集合は区間グラフ上で極大クリーク Pノード MPQ-tree 区間表現と密接な関係がある MPQ-treeの親は区間表現において子を内包 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 1 10 2 3 4 5 6 7 8 9 11 12 MPQ-tree 区間表現と密接な関係がある MPQ-treeの親は区間表現において子を内包 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 1 10 2 3 4 5 6 7 8 9 11 12 MPQ-tree 対応する区間グラフが変化しない操作 Pノードの子の順序を任意に入れ替える Qノードのセクションの順序を逆順にする 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 1 10 2 3 4 5 6 7 8 9 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 2, 4 4 3 5 6 7 8 12 9 10 11 1 10 9 11 12 2 3 4 5 6 7 8 今回の問題について 入力:区間表現 出力: MPQ-tree 応用上の多くの問題の入力は区間表現 入力される区間の数は大量 構成する既存のアルゴリズムは複雑 効率がよく単純なアルゴリズムは重要 グラフ表現経由 直接（PQ-tree用） グラフ表現から構成 区間表現をグラフ表現に変換