第十章微生物的分类和鉴定[精选].ppt

什么是微生物分类学(microbialtaxonomy): 生物界的分类 第一节：通用分类单元 一、种以上的系统分类单元 界、门、纲、目、科、属、种 种是最基本的分类单位 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 新种（species nova，sp.nov或nov sp.）是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。当发现在按《国际命名法规》对它命名并在规定的学术刊物上发表时，应在其学名后附上“sp.nov”符号。在新种发表前，其模式菌株的培养物就应存放在一个永久性的可靠的菌种保藏机构中，并允许研究人员取得该菌种。 中国希瓦氏菌Shewanel lacinica sp.nov. （许玫英等，微生物学报，2004，44(5):561-566） 第二节 微生物在生物界的地位 在人类发现微生物并对它们进行较深入的研究之前，只能把一切生物简单地分成似乎截然不同的两大界——动物界和植物界；从19世纪中期起，随着人们对微生物认识的逐步深化，生物的分界就历经三界、四界、五界甚至六界等过程，最后又提出了一个崭新的“三域”学说。 三域学说: 细菌域、古生菌域、真核生物域。主要特点比较见表10-3。 一、微生物分类鉴定中的经典方法 生物分类的传统指标：形态学特征、生理、生化特征、 生态学特征、生活史、血清学反应、对噬菌体的敏感性，其它。它们从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征的资料。在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。 3、微生物的快速鉴定和自动化分析 技术 微量多项试验鉴定系统（简易诊检技术，数码分类鉴定法）： 针对微生物的生理生化特征，配制各种培养基、反应底物、试剂等，分别微量(约0.1ml)加入各个分隔室中(或用小圆纸片吸收)，冷冻干燥脱水或不干燥脱水，各分隔室在同一塑料条或板上构成检测卡。试验时加入待检测的某一种菌液，培养2-48小时，观察鉴定卡上各项反应，按判定表判定试验结果，用此结果编码，查检索表(根据数码分类鉴定的原理编制成)，得到鉴定结果，或将编码输入计算机，用根据数码分类鉴定原理编制的软件鉴定，打印出结果。 API细菌数值鉴定系统 ‘Enterotube’系统 ‘Biolog’全自动和手动细菌鉴定系统 二、微生物分类鉴定中的现代方法 2. 核酸分子杂交法 遗传分类法 细胞化学成份用作鉴定指标 细胞壁的化学成份 全细胞水解液的糖型 磷酸类脂成份 醌类 气相色谱分析代谢产物如脂肪酸等 3．电子计算机在微生物学中的应用  　　计算机应用于微生物分类始于数值分类法(numerical taxonomy)。所谓数值分类法，是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。 计算机在分类中的应用，除进行数值分类外，在生物分类的其他方面也发挥了巨大的作用， 如rRNA、DNA或蛋白质等序列资料的贮存、分析；制作各类生物分类资料的软件供个人或实验室随时检索使用等等。 　　 生物信息学 4.rRNA寡核苷酸编目分析 遗传分类法 一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源行程度,乙确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法 RNA作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 (3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析 * * * 第十章 微生物的分类和鉴定 按照微生物的亲缘关系将其安排成条理清楚的各种分类单元和分类群的科学 微生物分类的目的 把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流 地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。 在生物进化历史过程中演化形成生物种类和种群的多样性。 生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史，揭示各类生物的多样性及其系统关系，编制分类系统，还原生物的自然历史位置。 ★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名 ☆分类是根据