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第一章 1.1 引言核酸的组成和结构1 核酸分脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)两大类。核酸也是一种多聚化合物，它的基本结构单元是核苷酸。核苷酸是由核苷和磷酸组成的，而核苷可以分解成基和戊糖。上述结构组成关系可用下图（图1-1）表示： 图1-1 核酸结构组成关系 核酸中的主要碱基有五个，结构简式如下所示（图1-2）：在DNA中含有腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)四种碱基，而在RNA中含有腺嘌呤(A)、尿嘧啶(U)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)四种碱基。 图1-2 核酸中碱基分子式 在核酸和脱氧核酸中，核糖和脱氧核糖都形成五元环的呋喃糖的形式，所有的碱基都以β-苷键的形式在1上结合，也即糖与碱基结合后是以糖苷的形式存在。DNA中的四个2-脱氧核苷的结构如下所示（图1-3）： 图1-3 DNA中脱氧核苷分子式 RNA中的四个核苷的结构如下所示（图1-4）： 图1-4 RNA中核苷分子式 核苷中呋喃糖的羟基与磷酸成酯就形成了核苷酸，DNA中的四个2-脱氧核苷酸的结构如下所示（图1-5）： 图1-5 DNA中脱氧核苷酸分子式 核酸有一级结构、二级结构和三级结构。一级结构是指组成核酸的各核苷酸的排列顺序，是通过磷酸在不同核苷的3位或5位上结合起来的线性大分子，其结构可用下图表示（图1-6）： 图1-6 DNA一级结构 其中末端5位有自由的磷酸基团，以及末端3位自由的羟基。其构简式如下图：（图1-7） 图1-7 DNA一级结构简式 DNA中的双螺旋结构就是核酸的二级结构。其结构如下图所示（图1-8）：双螺旋结构遵循Chargaff规则：1，两条单链成反平行；2，腺嘌呤和胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶的比例是1：1；3，腺嘌呤和鸟嘌呤的量等于胸腺嘧啶和胞嘧啶的量。双螺旋结构通过以下方式稳定：a，碱基间的H键相互作用；b，碱基间的堆积相互作用；c，疏水性；d，电荷间的排斥作用。核酸的其它结构本文不再赘述。 图1-8 DNA的二级结构 1.2核酸的催化功能：20世纪80年代，Cech 和Altman发现天然的RNA不仅仅参与基因的储存和传递，还可以催化化学反应，包括RNA的断裂和连接等等。直到1994年，Breaker和Joyce发现DNA可以在Pb2+的存在下，实现RNA磷酸二酯键的断裂2-4。 1.2.1 DNA催化低聚核苷酸的反应5-9 1.2.1.1 DNA催化RNA断裂 最早证明DNA催化的反应为RNA的断裂。RNA的断裂发生在磷酸二酯键紧邻的2’羟基进攻磷酸二酯键形成2’，3’-环状磷酸酯以及5’自由的羟基（图1-9） 图1-9 RNA的断裂 到目前为止，文献中报道使RNA断裂的DNA有以下几种，列于图1-10中。 图1-10 RNA断裂的碱基位置 1.2.1.2 DNA催化RNA的连接 DNA催化RNA的连接主要有两种方式：a，5’羟基进攻2’，3’环状磷酸酯生成非自然存在的2’5’连接的磷酸二酯键以及自然存在的3’5’连接的磷酸二酯键（图1-11a）；b，2’，3’羟基进攻5’三磷酸生成非自然存在的2’5’连接的磷酸二酯键以及自然存在的3’5’连接的磷酸二酯键（图1-11b）。 图1-11 DNA催化RNA的连接 1.2.2 DNA不对称催化在温和的条件下，酶表现出高催化活性、选择性10。这一思路为学术界开发新的催化体系提供了新的契机11。相对于合成催化剂，酶的催化有一定的局限性。而杂化催化体系这一新兴领域弥补了这些空白。杂化催化剂将具有强大的催化功能的过渡金属催化剂与具有手性结构的生物大分子（例如蛋白质、DNA）结合起来，组成新的催化体系。 杂化催化剂包括合成的催化剂，往往是金属化合物，锚定于生物大分子骨架上12。锚定的方法可以是共价键，该杂化催化剂可以通过化学或者基因的方法对过金属催化剂以及大分子进行调整13-14。 使用蛋白质作为骨架，已经实现了高对映选择性的转化15-20，并且基于蛋白质的杂化体系已经在多篇综述中报道21。而使用DNA作为骨架是由oelfes小组发展起来的一种新方法22-26。 DNA，因其具有独特的手性特性引起了关注。具有右手螺旋的B-DNA是最常见的DNA类型，但DNA的结构受到沟处含水量、溶剂的离子强度以及与DNA结合的分子的影响可以转变为其它的构型，例如左手螺旋的Z-DNA。DNA可以通过合成或者是天然的提取得到，例如自然界中存在的鲑鱼精DNA（st-DNA）和小牛胸腺DNA（ct-DNA）都可以大量的获得，成本较低。 1.2.2.1 DNA不对称催化思路 基于DNA 的不对称催化剂包括非手性的金属催化剂以