第10讲DNA指纹图谱分析方法.PDF

第 10 章 DNA 指纹图谱分析方法 10.1 DNA 指纹图谱产生的原理 10.1.1 高变异 DNA 序列的发现 1980 年，Wyman 和 White 在进行人体 DNA 基因文库的研究中，筛选到一个随机 DNA 片 段，以其为探针进行 RFLPs 分析，检测到 8 个等位基因，平均杂合率超过 75％，因此推测该 位点的多态性来源于 DNA 重排而非碱基突变，这是人类基因组中发现的第一个高变区（hyper variable regions，简称 HVRs）。此后，人们在人类基因组中又陆续发现了其他一些高变区， 如α-珠蛋白基因（Higgs 等 1981，1986）、胰岛素基因（Bell 等 1982）、脂蛋白基因（Knott 等 1986）、D-Ha-ras 癌基因（Capon 等 1983）、Zata-珠蛋白基因（Goodbourm 等 1983）等基 因的侧翼及肌红蛋白基因（Weller 等 1984 ）的第一个内含子区域，都含有这种 HVRs。这些高 变区的共同特点为：都是由一短序列（即重复单位）首尾相连、多次重复而成，其多态性来源 于重复单位的重复次数不同。同一高变区的这些重复单位还具有高度的保守性，但因重复单位 的重复数目不同，形成了众多的等位基因。这些高变区后来被叫做小卫星（minisatellite） （Jeffreys 等 1985a），有的人又称其为可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeat，简称 VNTR）（Nakmura 等 1987）。在小卫星 DNA 内，重复单位数目的高度变异是由于不 等交换所造成的，换言之，即在有丝分裂时的姊妹染色单体（sister chromatids）或减数分裂 时的同源染色体间互换所致。有时候，发现 DNA 链架突变的发生频率高于点突变，其频率为每 －5 －2 世代每千个核苷酸对在 10 ～10 。虽然不等互换导致重复单位数目增加或减少，但不同重复 的形成却是由于点突变造成的。此外，基因转换（gene conversion）与重组似乎在同源性的维 持上扮演着重要的角色。在 DNA 复制期间的滑动复制（slippage）是重复单位内简单序列 （1～ 4 个核苷酸对）演化的机制（Wolf 等 1989）。故有丝分裂或减数分裂时不等互换、基因转换及 滑动复制，均足以导致重复单位间同源性的维持及重复单位数目的变化。 大多数重复序列单位共有一个约 10～15 个核苷酸对的核心序列（core sequence），此核心 序列高度地保留于相关的小卫星 DNA 家族中，它是重组信号，可能是真核生物 DNA 重组交换的 热点，可促进小卫星 DNA 的不等交换（Jeffreys 等 1985a；Wyman 等 1990）。核心序列是重 复单位间序列相似的基础。在小卫星 DNA 区域内，同源染色体可能有不同数目的重复单位，利用 限制性内切酶可产生 DNA 指纹。由此可见，串联重复序列的高度变异性与其特殊的结构密切相关。 然而，基因组中此类串联重复序列的真实生物学功能至今仍不清楚。 本章作者：丁 波，张亚平 第 10 章 DNA 指纹图谱分析方法 119 10.1.2 DNA 指纹图谱的发现 1985 年，英国来斯特大学遗传系的 Jeffreys（1985a）及其同事在《Nature》杂志上报道了他们 对人体基因组高变区的突破性研究。他们用肌红蛋白基因第一个内含子中的串联重复序列（重复单位 长 33bp）作探针，从人的基因文库中筛选出 8 个含有串联重复序列（小卫星）的重组克隆。经序列 分析，发现每个克隆都含有一个长 0.2～2.0kb、由重复单位重复 3～29次组成的小卫星 DNA。尽管这 8 个小卫星的重复单位的长度（16～64bp）和序列不完全相同，但都含有一段相同的核心序列，其碱 基顺序为 GGGCAGGAA。他们用 16bp 重复单位（主要为核心序列）重复 29 次而成的小卫星 33.15 做探针，与人基因