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蛋白组学技术和方法学研究进展 摘要 现今蛋白质组学的研究成为了蛋白研究的热点问题，其主要是以直接参与生命活动的所有蛋白质作为研究目标。本文主要介绍了蛋白质组学的技术平台以及各种研究方法的优化，如SRMCollider、梯度优化器和SILAG-iPAC，并对蛋白组学的研究进行了讨论和展望。 关键词 蛋白质组学技术平台SRMCollider，GradientOptimizer ，ILAG-iPAC Abstract: nowadays, proteomics becomes the focus of protein research. Main research target of proteomics is all the proteins related to life activities. The review focuses on the technology development of proteomics research and optimization of different research methods, such as SRMCollider, GradientOptimizer and SILAG. In addition, the research on proteomics were discussed and proposed. 前言 蛋白质组（proteome）是1995年6月Wasinger VC等[1]发表在Electrophoresis中首次提到的新名词。它是指的是某一个生物个体基因组、一个细胞或组织所表达的全部蛋白质成分，包括了蛋白质异构体、蛋白质复合体以及被修饰的蛋白质。与基因组不同的是，蛋白组作为一个整体，在不同的时空条件下，在一个生物体的不同组织中是不同的[2,3]。蛋白组学是以直接参与生命活动的蛋白质作为研究目标，界定表达蛋白质过程中涉及的影响因素[4]。 蛋白质组学技术是从蛋白质水平上研究蛋白质组的有力工具，其主要技术包括双向电泳技术（2-DE）、质谱鉴定技术、蛋白质组生物信息学、核磁共振、噬菌体展示技术、蛋白芯片、酵母双杂交系统等。其核心技术是以双向凝胶电泳为主的蛋白质分离技术，以质谱的蛋白质鉴定技术和以生物信息学为主的蛋白质功能分析技术[5]。梯度优化器是Luminita Moruz和Lukas Kall提出的一种优化蛋白洗脱的软件[]。该软件产生主要来源于以下几个方面：（1）鸟枪法蛋白组学使用不同的酶对蛋白进行消化，然后通过反相液相层析和质谱进行蛋白的鉴定。（2）对反相液相层析系统进行洗脱的时候，通常采用的是线性梯度，这样会造成各肽段的分布并不均衡，且能够鉴定的肽段相对较少。（3）使用非线性洗脱，能够获得更多的肽段，分布更均衡，可以增强鸟枪法蛋白组的研究，但是，非线性的梯度计算是最大的问题。考虑到这点，梯度优化器便应运而生了。 首先，该软件是一个全自动的，容易使用的软件，操作人员不需要有太多的电脑专业技能，也无需使用大量的工具进行计算；该软件能对处理后的数据显示一个直观的图像界面，方便研究人员的观察，并且几乎不需要提供任何的预处理数据；该软件还可以对实验参数进行手动设置，选择最优的洗脱曲线。 图1 梯度优化器的操作界面 该梯度优化器的操作界面如图1所示：共分成A、B、C、D四个区域。A区域有三种优化类型可以选择，可以满足输入的原始数据分别来自液相实验、质谱或者手动输入的保留时间等不同需求。B区域是根据A的选择，然后提供需要优化的多肽信息。C区域是B中多肽线性洗脱时提供的信息。D区域是对各参数的优化区。此四个区域可完成对鸟枪法获得多肽片段的非线性洗脱浓度的计算。 SILAG-iPAC细胞培养稳定同位素标记技术（Stable isotope labeling with amino acid in cell culture,SILAC）是体内将不同来源或不同状态的细胞分别培养于含稳定同位素（13C，15N）标记的必需氨基酸的培养基中，经过多次细胞倍增后，稳定同位素按照序列特异的方式，完全渗入到新合成的蛋白质中[]。通过比较标记前后同一肽段的质谱峰值变化，可以实现对蛋白质的精确定量。SILAC是体内同位素标记的主要形式之一，作为目前定量分析误差最小的比较蛋白组学研究策略得到广泛的应用。 在对SILAC技术的应用上，科学家以前通常都集中在与质谱的联用上面。最新的研究显示，英国科学家们对它们的联用进行了优化，结合了一个蛋白组学方法（Interactomes by Parallel Affinity Capture，iPAC）被称为SILAG-iPAC ：使用平行的亲和捕获技术，从非特异性的蛋白复合物中精确区分蛋白的定量方法[]。 在他们的实验中，一个稳定的细胞系用于表达双标签的