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在昆虫中序列相似蛋白组学：?Brazilian Moth Cerodirphia speciosa毒液的成分鉴定使用串联质谱测序和序列相似性搜索,我们对?Brazilian Moth Cerodirphia speciosa的幼虫毒液的成分进行了表征,此蛾属于天蚕蛾科鳞翅目。尽管可用的数据库序列资源缺乏,这种方法使我们能够识别58点中的48个点并试图对其做二维凝胶电泳图,代表37独特的蛋白质,而只有13种蛋白质可以被传统非容错数据库搜索方法识别。大多数的跨物种采样数来自系统发育相关的鳞翅类生物中桑蚕家蚕的蛋白质。幼虫毒液的蛋白质成分配方暗示C. speciosa的毒素可能会通过其血淋巴接触引发毒害,类似于另一种有毒鳞翅目，巴西天蚕蛾。关键词:MS BLAST?同源性搜索?昆虫蛋白质组学?串联质谱?昆虫毒液前言Brazilian Moth Cerodirphia speciosa属于鳞翅目天蚕蛾科的新天蚕蛾亚科。Lepidopterian幼虫身体便面的刚毛,如天蚕蛾科家族的幼虫,对人类来说是危险的。偶然接触他们的刚毛和刺会导致灼烧的疼痛感,肾功能衰竭,鼻衄,黑粪症,血尿,严重出血,有时会导致死亡。然而,无论是Cerodirphia属的毛毛虫的毒液构成,还是特定的毒液的介质尚未确定。蛋白质组学表征的有毒液体来自于螫毛和毛毛虫的刺,可能有助于阐明毒性机制和开发适当的药物。鳞翅目包含超过150000种蝴蝶和飞蛾。目前,只有来自多个物种的106序列高度同源蛋白质在整个天蚕蛾科家族是已知的,新天蚕蛾亚科,其中包含分类学确认的142种。天蚕蛾科从蛋白质数据库中没有蛋白质可被利用，因此蛋白质识别只能依靠跨物种从其他鳞翅目物种序列去匹配,如丝绸蠕虫家蚕和烟草天蛾的幼虫或亲缘关系更远的昆虫序列,比如黑腹果蝇或冈比亚疟蚊。基因组、EST（表达序列标签）和蛋白质序列数据库通过质谱分析提供一个蛋白质鉴定的资源。在典型的蛋白质组学中, 通过特定的蛋白酶(多数情况下,胰蛋白酶)进行蛋白质胶内酶切,或溶液内酶切。未分离的胰蛋白酶的水解液经过肽质量指纹谱技术,完整的肽质量受它的精度高低决定。另外,肽的序列是由串联质谱测定,要么直接从未分离的混合物测定,或通过纳米微流反相色谱法在线分离(参照参考文献10)。大量的完整的胰蛋白酶的肽(肽质量指纹识别),或者加上大量的衍生片段通过离子化的串联质谱,然后从数据库条目相应的质量计算的处理序列。尽管有显著的不同, spectrum-to-sequence相关性和得分算法及其程序实现,传统的蛋白质识别软件,如Mascot与SEQUESR,主要是能够分析多肽的精确匹配至数据库序列（参照参考文献13,14）。严格的匹配大大增加了特异性的数据库搜索,有助于克服串联质谱固有的缺乏使用光谱识别的蛋白质,使从只有少数片段获得肽前体。然而,任何分析肽序列对应的数据库条目之间的差异,通常在失配和排除了识别结果的蛋白质。这代表了一个重要瓶颈表征与非序列蛋白质组的物种基因组,特别是对昆虫的蛋白质组学影响，因为在生物与未定义的遗传背景之间的系统发育多样性和蛋白质序列的显著高种群差异。我们在这里证明结合质谱分析和序列数据库相似性搜索有助于规避这些限制并且为高效的昆虫蛋白质组学勘探铺平了道路,尽管缺乏可用的序列资源。为了描述C. speciosa配方的毒液,我们通过二维凝胶电泳分离蛋白质并且蛋白质的识别通过质谱，Mascot联用和基于质的BLAST方法搜索驱动的。MS BLAST是一个序列相似性搜索工具,它利用多余、退化和部分序列错配的备选序列,通过的串联质谱的翻译来获得。从所有获得的串联质谱推导出所的有候选序列,以任意顺序组装成一个查询。重要的是,许多备选序列接受每个肽分析,因此,序列可以从低干度的MS / MS光谱推导明确的解释经不起实验的推敲。与常规的BLAST搜索相比,采用E值和p值评估统计采样的置信度, MS BLASTL利用另一种得分方案中,基于预计算阈值的分数有条件地设置在获取高比值片段对 (高敏感人群)和碎片的总数。根据超过20 000 MS BLAST搜索查询被组装的4500个蛋白质的计算评估结果得出,假阳性标识不超过3%。虽然对全面执行搜索总是对序列数据库执行全面的搜索，,但真正阳性标识通常取决于系统的距离与相关参考生物(s)和不同的系统发育血统之间的显著不同。MS BLAST方法成功的运用于鉴别非洲爪蟾,死海杜氏盐藻,甲醇酵母属毕赤酵母属酵母，圣栎硬木和其他物种的非序列基因组中的未知蛋白。然而， MS BLAST从广布的昆虫中鉴定的性能对系统发生的时间的测序参考物种尚不能被评估。使用质谱和容错结合和严格的数据库搜索方法,我们鉴定了从毛毛虫毒液中以二维电泳检测出的58个蛋白质斑点中的48个。序列相似性搜索启用两倍的独特的蛋白质,通