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蛋白质去折叠特性的物理特性空间分析.pdf
第23卷第6期 德 州学 院 学报 VoI.23,NO.6
2007年 12月 Journal of Dezhou University Dec.,2007
蛋白质去折叠特性的物理特性空间分析
赵立岭 ,王吉华
(1.山东省生物物理重点实验室,山东德州 253023;2.德州学院物理系,山东德州 253023)
摘 要:介绍了利用蛋白质的12个物理特性参数构建物理特性空间的方法,蛋白质的每个状态,与特性空间
中的一个点相对应.以GB1蛋白为例,在物理特性空间分析了蛋白质去折叠行为,并得出正确的结论.
关键词:物理特性空间;蛋白质去折叠;分子动力学模拟;主成分分析法
中图分类号:Q7l 文献标识码:A 文章编号:1004—9444(2007)06—0005一O4
蛋白质折叠问题是生命科学中一个重要的悬而 来构建物理特性空间的过程,将分子动力学模拟的
未决的问题,它涉及分子生物学、遗传学、生物物理 原子坐标轨迹转换为物理特性空间的特性轨迹,运
学、蛋白质组学等一系列学科,该问题的解决对预防 用主成分分析的方法,得到三维的物理特性子空间.
和治愈折叠病(如:疯牛病等)、蛋白质结构预测以及 以GB1蛋白质的高温去折叠为例,指出了物理特性
药物设计等具有重要意义.多年来,人们从实验、理 子空间可以揭示蛋白质折叠/去折叠的新的特征.
论等不同角度对该问题进行着广泛而深人的探索,
并取得巨大的成功.蛋白质是一种生物大分子,其折 1 物理特性空间的建立
叠过程是一个非常复杂的过程.根据折叠漏斗理
论l_1],在蛋白质复杂的能量地形面上,折叠被看成为 建立物理特性空间¨6],首先选取刻画蛋白质状
一 个链状分子系综的平行流的过程,就象多溪流水 态特性的特性参数,它们是a螺旋的含量 HC(a he—
从具有复杂地形结构的山坡流下一样,而不仅是一 lix content)、G折叠片的含量 SC(G sheet content)、
溪流水从一单个山谷中流下,也就是说折叠路径有 二级结构的总含量 SSC(包括 a helix,G sheet,G
多条,其中有一条是最喜欢的路径E引. bridge,bend和turn)、疏水溶剂可及表面积SASA、
蛋白质的结构通常用三维笛卡儿坐标表示,用 回旋半径Rgl、疏水核回旋半径 Rg2、疏水核内部的
全原子模型模拟其折叠过程时,系统总的自由度数 蛋白质和水分子间的氢键 HB1、疏水核内的氢键
目将是非常巨大的(为3N一6,N是原子数),在如此 HB2、蛋白质内部氢键 HB3、蛋白质和水分子间的
多维的空间中描述蛋白质的折叠是非常困难的.在 氢键HB4、天然接触数目N和总接触距 TCDE .如
蛋白质折叠的过程中,其三维结构要发生变化,与此 果蛋白质非相邻残基的Ca原子间的距离小于0.65
同时描述蛋白质的一些物理参数(如天然接触数目、 nm,就称这两个残基间存在一个接触.在常温常压
可及表面积、原子的回旋半径等)也要相应的发生变 下执行两次独立的分子动力学模拟,在两次模拟中
化.蛋白质原子的坐标的变化可以描述蛋白质的折 均出现时间超过 2/3的接触定义为天然接触(n—
叠特征,体现蛋白质某些特性的物理参数也能刻画 ative contact)l_8J.在这儿选取 12个特性参数,理论
蛋白质折叠的特征.在已有研究中,有用天然接触数 上讲,选取的参数愈多,所描绘的蛋白质结构状态越
的比率 Q¨3]、已排列好的残基所占总数的比率 接近实际情况.同时
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