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ExPASy使用初探 — 以斑头雁血红蛋白为例 组长：任娇 组员：申立平 孔寅飞 李东旭 2009.03.18 工作分工 • a2任姣：斑头雁的物种介绍，ExPASy介绍，整 理全组的工作，查漏补缺，编辑全文。 • b1申立平：对斑头雁血红蛋白研究背景包括现阶 段的进展做一个详尽的介绍。 • a1孔寅飞：尽可能多的运用ExPASy的各种工具 对该蛋白的DNA序列进行分析。 • b2李东旭：尽可能多的运用ExPASy的各种工具 对该蛋白的蛋白质序列进行分析。 ExPASy简介 • ExPASy是Expert Protein Analysis System 的缩写，即为专业蛋白质分析系统。 ExPASy由瑞士生物信息学研究所维护 （Swiss Institute of Bioinformatics ），提 供从序列（Swiss－Prot）到结构(Swiss- Model)，以及2 －D PAGE等蛋白质操作相 关的全套服务。ExPASy汇总的蛋白质组学 在线实用分析工具包，涉及蛋白分类、翻 译、结构预测、相似检索、序列比对等等。 ExPASy Proteomics tools • [Protein identification and characterization] （MS相关） • [DNA - Protein] • [Similarity searches] （序列相关） • [Sequence alignment] • [Pattern and profile searches] （domain/motif相关） • [Post-translational modification prediction] • [Topology prediction] （定位，跨膜相关） • [Primary structure analysis] • [Secondary structure prediction] （结构相关） • [Tertiary structure] • [Phylogenetic analysis] （进化相关） • [Biological text analysis] 第一部分 斑头雁背景知识介绍 基本知识： • Anser indicus Latham, 世界上飞的最高的鸟类 • 别名：白头雁 • 英文名：Bar-headed Goose • 斑头雁，雁形目，鸭科，雁属。大雁的一种，因头上有两条黑色条斑 而得名。它体形如鹅，重约2500-3500克，长着桔红色嘴巴、黑色嘴 唇、桔红色腿脚，灰褐色的羽翅，虹膜－褐色；嘴－鹅黄，嘴尖黑； 脚－橙黄。飞行高度可达8000米以上，每日飞行300到500公里，是 鸟类飞行的一级运动员。 灰雁是斑头雁的近亲，生活在欧洲和亚洲大陆。栖息于湖泊、 河滩水域地带。它们却不能承受缺氧环境。所以怀疑可能是斑头雁 的血红蛋白和灰雁的血红蛋白结构有所不同，从而导致它结合氧的 能力不同。 斑头雁血红蛋白研究背景及进展： • 1979年Braunitzer G, Oberthür W.比对了灰雁和鸡的血红蛋白的α链 和β链，发现灰雁的氨基酸序列相对于鸡的有差异，证明血红蛋白确 实存在突变，为上面的对斑头雁的推测奠定了依据。 • 1980年Black CP, Tenney SM做了一个研究工作，把斑头雁和北京鸭 （体型和斑头雁相当，但生长在地面，不能飞的鸟类）的耐低氧能力 做了一个比较，发现当把二者都置在高空中时，斑头雁没有明显的动 作变化，但北京鸭的结合氧的能力却没有增强。 • 1982年，Oberthür W, Braunitzer G, Würdinger I.等人把 斑头雁和灰雁的血红蛋白氨基酸序列进行了分析，，其中 斑头雁α链119 位Ala 在灰雁中变成了Pro，而斑头雁β链