水稻抽穗期基因位点的连锁与关联分析.docVIP

　　水稻抽穗期基因位点的连锁与关联分析 第一章 文献综述 1 连锁作图 遗传标记经历了从宏观到微观的发展。不管是宏观的形态标记，微观的细胞标记还是蛋白质标记都具有多态性差，受环境因素的限制和影响，标记数目少，易受人为因素的干扰等缺点。DNA 标记则克服了传统遗传标记的缺点，因此大量应用于遗传学研究[1]。DNA 标记发展到今天已经有了非常多的种类，但所有的 DNA 标记可归结为四种类型：(1)基于 DNA-DNA 杂交的分子标记。利用限制性酶切产物与特定的探针杂交，然后对探针进行显色是这种类型分子标记所运用的原理。主要包括 RFLP 和 VNTR。前者是由于突变等原因导致了酶切位点的改变，从而产生了大小不同的片段，以此来判断多态性；后者主要是由于生物体基因组本身存在着不同的重复单元和重复次数而导致了酶切片段大小的差异。(2)基于 PCR 技术的 DNA 标记。这类标记按照引物的差别可再细分成 2 类： （1）随机引物 PCR 标记，主要包括 RAPD 和 ISSR 等。由于这种技术在选择引物的时候并没有特定的要求，而是随机选择，因此，扩增的产物在序列和片段大小等方面的信息也是完全不清楚的。这种技术的包含显性和共显性两种多台类型，具体表现就是引物结合位点的碱基差异而导致是否能够扩增出条带以及扩增出的条带大小的差异。但通常是以显性标记的形式出现，因此灵敏度不是很好。 （2）特异引物 PCR 标记。这种技术的最大特点就是引物扩增出的目的片段的序列是清楚的，这也是与随机引物显著区别的地方。主要包括 SSR 标记和 STS 标记等。SSR 标记是最常用的一种标记技术。由于基因的非编码区中普遍存在着各不相同的重复序列，因而扩增的条带就表现为片段大小的共显性差异。目前，SSR 标记在构建特定的 DNA 指纹图谱以鉴定特定的物种以及在植物重要基因的定位和分子标记辅助选择育种上都发挥着重要的作用[2]。 1.2 QTL 定位的原理及方法 QTL 定位实际上就是通过构建某种类型的定位群体，然后调查定位群体内每个个体的表型性状，将之换算成表型值，接着利用不同的分子标记技术检测定位群体内每个个体的基因型，最后运用一定的数理统计的方法计算控制表型性状的基因座与染色体上各种类型的分子标记间的重组率，从而得出它们之间的位置关系。由于通过两点或三点测验得到的距离并不是绝对的，不同群体得到的结果很有可能不一致，所以分析时要根据具体的材料来进行。进行 QTL 定位的第一步必须先构建一个合适的定位群体，有了相应的定位群体才能选用合适的分子标记技术将分子标记定位在染色体上的相应位置。构建一个合适的定位群体必须考虑很多方面的因素，其中最重要的有三点：（1）亲本；（2）群体类型；（3）群体大小。由于定位群体所有的遗传信息都来自亲本，因此亲本的选择关系到定位结果的准确与否。首先，亲本必须是一个稳定遗传的品种，如果是分离个体是不适宜选做亲本的。其次，用于配组的两个品种的亲缘关系必须适宜。亲缘关系太远，减数分裂时染色体无法正常配对，从而导致偏分离的产生，进而影响到连锁图谱的可信度。严重一点的话会导致杂种一代育性丧失，从而使群体的构建无法完成。亲缘关系太近的话亲本之间的遗传信息相似度比较高，从而导致运用分子标记检测基因型的时候多态性率比较差，增加了成本和工作量，同时，定位群体表型性状也不够丰富，这些因素都影响到定位结果的准确性。在育种工作中，为了产生多态性丰富的栽培稻品种，育种家们经常会将亲缘关系较远的野生稻和栽培稻杂交配组。再次，必须对亲本及 F1代进行细胞学鉴定，检测是否有染色体异常，以防止后代遗传信息的缺失从而影响到定位结果的准确度。为了提高定位的准确度，还经常用不同的亲本构建不同的定位群体，以此来对所得到的结果进行相互验证。 . 第二章 香丰 A 早熟性基因的定位分析 1 材料与方法 1.1 试验材料 以香丰 A 的保持系香丰 B 为母本，分别与恢复系 R205、昌恢 121、淦恢 3 号和华占杂交，获得杂交种 F1，自交后获得 F2群体。选择香丰 B/R205 的 F2群体共 237个单株作为定位群体，进行连锁分析。为了进一步明确香丰 A 早熟特性，选用五丰 A、荣丰 A、天丰 A 为对照，分别与恢复系 R205、昌恢 121、淦恢 3 号和华占配制 F1组合。 1.2 试验方法 1.2.1 试验材料的种植 各试验材料于 2013 年作为中稻在江西农业大学科技园进行种植，5 月 19 日播种，6 月 15 日移栽，按单株种植，行株距为 16.67cm 20 cm。除定位群体的 F2群体外，所有材料均各种植 5 行，每行 10 株，共种植 50 个单株。大田按常规管理。 .. 2 结果与分析 由表 2.1 可以看出，4 个供试不育系中，荣丰 A 和五丰 A 的抽穗天数均