应用NCBI查找连续的mRNAcDNA蛋白序列.docVIP

应用NCBI查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(多图) Time：2009-12-30 PM 14:27　　Author:bioer　　Hits: 1120 times 　 - Part two： 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（以人类的IL6为例） (作者：urbest)一、 进入NCBI主页：/??????? 在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示： ?????????点击“Go”，出现以下界面： ???????????????出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL-6是标号为2的序列。二、查找cDNA、mRNA和蛋白序列1. 查找cDNA序列 点击Order cDNA clone， 出现目的页面如图所示：???????????? ?点击Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）：????????? ??????? 2.??查找mRNA、蛋白序列??????? 回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面（只抓取相关部分）：???????????????????? ??????? ???? ?? 页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分： ?????????????? 找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA序列：???????? ???????? 蛋白序列如下：??????? ?????? ??????? NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是Genomic ，点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。 ??????? 这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。 荧光定量PCR PCR 引物设计 RT-PCR RNA提取 糖尿病 NCBI ELISA 细胞凋亡 SNP MicroRNA 基因组测序 Transwell DNA提取 实时定量PCR iPS细胞 细胞转染原理 Southern Blot 流式 应用NCBI的Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）(多图)Time：2009-12-30 PM 13:37　　Author:bioer　　Hits: 1510 times 　- 一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物设计、BLAST序列比对等(作者：urbest) 关键词: NCBI 使用方法 引物设计 序列比对 总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用： Part one 如何查找基因序列/mRNA/Promoter Part two 如何查找连续mRNA/cDNA/蛋白序列 Part three 运用STS查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验 引物特异性 Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter） [同一个页面即可显示基因序列和启动子] 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 一、打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 二、点击“GO”出现如下页面： 三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter，下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter，出现下图： 说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给