生物信息学复习资料整理(双语).docVIP

基因表达 gene expression：是基因中的DNA序列生产出蛋白质的过程。步骤大致从DNA转录成mRNA开始，一直到对于蛋白质进行后转译修饰为止。指生物将遗传物质传递给其他细胞而非其子代的过程，基因水平转移是一个重要的现象。人工神经网络（Artificial Neural Networks）人工神经网络是一种应用类似于大脑神经突触联接的结构进行信息处理的数学模型。 序列比指序列排列在一起，。序列中可以插入。的相同或相似的（在核酸中是A, T（或U）, C, G，在中是氨基酸基的字母表示）排列在同一列上。这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。在比对中，错配与突变相应，而空位与插入或缺失对应。启动子(promotor)指一段能使基因进行转录的DNA序列。启动子可以被RNA聚合酶辨认，并开始转录。在RNA合成中，启动子可以和决定转录开始的转录因子产成相互作用，继而控制细胞开始蛋白质。 是DNA上一小段可与蛋白结合的区域，结合之后，基因的转录作用将会加强。强化子可能位于基因上游，也可能位于下游。 趋同演化（Convergency）在演化生物学中指的是两种不具亲缘关系的动物长期生活在相同或相似的环境，或曰生态系统，它们因应需要而发展出相同功能的器官的现象。基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。 系统生物学 是一个试图整合不同层次信息以理解生物系统如何行使功能的学术领域。通过研究某生物系统各不同部分之间的相互关系和相互作用（例如，与细胞信号传导，代谢通路，细胞器，细胞，生理系统与生物等相关的基因和蛋白网络），系统生物学期望最终能够建立整个系统的可理解模型。 he main contents of bioinformatics research. 生物信息学作为一门新的交叉学科，其研究范畴是以基因组DNA序列的信息分析作为出发点，分析基因组结构，寻找或发现新基因，分析基因调控信息，并在此基础上研究基因的功能，研究基因的产物即蛋白质，模拟和预测蛋白质的空间结构，分析蛋白质的性质，其结果将为基于靶分子结构的药物分子设计和蛋白质分子改性设计提供依据。当前，生物信息学已在理论生物学领域占有了核心的地位。 生物信息学主要有以下几个方面的研究内容。 生物分子数据的收集与管理数据库搜索及序列比较 （3）基因组序列分析基因表达数据的分析和处理蛋白质结构预测 从生物分子数据的收集和管理到数据库搜索，从基因组序列和基因表达数据分析到蛋白质结构与功能的研究形成生物信息学研究的主线，进一步的工作还包括药物分子设计和蛋白质设计。 escription of the Central Dogma in molecular biology. DNA是遗传物质，是携带遗传信息的载体。信息从基因的核苷酸序列中被提取出，用来指导蛋白质合成的过程对地球上的所有生物都是相同的，分子生物学家称之为中心法则(central dogma)。“中心法则”的核心：DNA分子中的遗传信息转录（transcription）到RNA分子中（即RNA聚合酶以DNA为模板合成RNA），再由RNA翻译（translation）生成体内各种蛋白质，行使特定的生物功能。 国际上有哪几个著名的核酸序列数据库？The three well-known international nucleotide sequence database. 核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank (/Web/Genbank/index.html)，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL，http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html)，日本遗传研究所的DDBJ (http://www.ddbj.nig.ac.jp/）。三个组织相互合作，各数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样。这三个数据库是综合性的DNA和RNA序列数据库，其数据来源于众多的研究机构和核酸测序小组，来源于科学文献。用户可以通过各种方式将核酸序列数据提交给这三个数据库系统。数据库中的每条记录代表一个单独、连续、附有注释的DNA或RNA片段。 简述Alignment基本原理。he basic principles of Alignment. 两条序列的比对（alignment）是指这两条序列中各个字符的一种一一对应关系，或字符对比排列。序列的比对是一种关于序列相似性的定性描述，它反映在什么部位