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用Quantity One进行定量分析的方法生物技术 2009-09-06, 21:17 叶林Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大，到底多么强大在这就不说了。用处很多，到底多么多在这也不说了，具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法：有下面这么一张DGGE图像，需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。第一步：建立泳道点击菜单栏“Lane-Auto Frame Lanes”，一般情况下Quantity One会自动识别并建立泳道。但也有很多时候不能自动建立泳道，这就需要选择菜单栏“Lane- Frame Lanes…”然后输入要建立泳道的数目，手动建立泳道。泳道建立后需要调整，在菜单栏“Lane-Edit Frame”中有拉伸、旋转、移动、添加/删除锚点等选项，通过这些选项可以对泳道进行调整，调整后大致如下：第二步：消除泳道背景点击菜单栏“Lane-Lane Background…”跳出一个对话框，“All Lanes”中选择第二个，然后点一下第5条泳道，“Selected Lane”的下面会显示Selected Lan:#5(#5)，然后选择”Lane On“ Rolling Disk Size中填一个10～20之间的数(可以多尝试几个，看看效果)，最后点“Done”完成操作。第三步：建立条带点击菜单栏“Band-Detect Bands…”打开一个对话框，调整Sensitivity和Lane Width的数值，使每个条带都被检测到，如果条带上面显示的是一条红线，可以在“Band-Band Attributes”的Style栏中选择Brackets，使之显示为括号形式。条带建立后图像显示如下：第四步：生成报告点击菜单栏“Report-Lane Report”然后点一下第五条泳道，在弹出的对话框的Measurements 一栏中选择Trace Qty (个人感觉选择这个比较合适，也可以选择其他的看看效果)，然后点Report，就看到了每个条带的Trace Qty值，这个值与DNA的浓度呈正比，根据这个值计算百分比即可。以上仅仅是Quantity One进行定量的简单流程，非常不具体，一些具体的参数设置及软件的其它功能请参考相关的使用说明或教程。另外，不确定上面的操作是否有不当之处，如有请多指教。需要特别说明的一点是：对于一个从复杂的环境样品中提取的DNA，经过PCR-DGGE，然后用Quantity One定量，通过分析每条条带的intensity来计算百分比，然后估计原始样品中各个物种（比如细菌）的百分比，这样的做法是非常不准确的，这种数据发paper可能不会被接受，因为整个过程中存在很多Bias。同理，T-RFLP也存在类似问题。?Quantity One施用教程大全（转贴）2010-11-11 09:531 - 内容简介 　　凝胶电泳是每个做份子有生命的物质学的同窗天天都要打交道的基本技术。电泳然后的信息处理与电泳本身同样重要。今朝有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如BandScan、BandLeader、Sigma Gel等等。今日要向大家介绍的是来自Bio-Rad的1D凝胶定量软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的主页不收费下载。今朝的最新版本是4.52版 　　2 - Quantity One的定量方法 　　Quantity One的分析功能顾名思义首要用来举行凝胶或培养皿的荧光定量分析。它的分析功能或说分析方式首要有4种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；份子量测定 　　-------------------------------------------------- --------------------------------------------------- ------- 　　这三种方法中施用最为利便也是最为广泛的应该是等高线定量法（Volumn Contour）。它经由过程半AUTO描绘电泳条带的等高线边沿来得到等高线区域内部平面或物体表面的大，再将该平面或物体表面的大乘以区域内平均光疏密程度值当到条带内部总的信号量。固然这种分析方法的蠹弊显而易见：无法同等得排除不同泳道的配景亮度；等高线的绘制处于“半AUTO”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边沿；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时辰几乎无法绘制纯一条带的轮廓（常出现持续的几个条带等高线相连而无法分离出独自条带的轮廓）。 　　三