猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析.doc

　　猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析 ：王珅，高慎阳，周铁忠，毕聪明 【摘要】 目的 分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础;方法 以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz 方法预测M蛋白的二级结构，以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区;之后，分别按Kyte-Doolittle，Emini和Jameson-蛋白的B细胞表位;结果 预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个;共同的β-折叠区段分别为13个;共同的转角区域分别为7个;柔性区域为12个;M蛋跨膜区3个;结论 TGEV M 蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区域。 【关键词】 TGEV;M蛋白;B细胞表位 Abstract: Objective To identify the potential B cell epitopes of M protein of TGEV in theory, ent rebinant subunit vaccine of TGEV. Methods The secondary structure of M protein of TGEV and its transmembrane region ethods of Garnier-Robson, Chou-Fasman, Karplus-Schulz and TMHMM Server v2.0 softino acids sequence. And hydrophilicity plot, surface probability plot and antigenic index for M protein ethods of Kyte-Doolittle, Emini and Jameson-s in the M proteins N terminal, respectively.Conclusions bined the previous results, the B cell epitopes for M protein of TGEV inal No. 19～43,103～109，138～155，198～205，220～228 and No. 237～257. 　　Key issible gastroenteritis of san 方法即通过序列氨基酸残基的晶体结构来预测蛋白质二级结构和Karplus-Schulz 方法即预测蛋白质骨架区的柔韧性，来综合预测蛋白质的二级结构,详见参考 文献 [5-8];利用在线TMHMM Server v2.0软件对M蛋白的跨膜区进行分析。 　　1.3 M蛋白的B细胞表位预测分析 　　按Kyte-Doolittle 的氨基酸亲水性标准(以7个氨基酸残基为一组的方案)预测M蛋白亲水性;按Emini方案预测蛋白质的表面可及性;按Jameson-蛋白的二级结构预测分析结果 　　Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法预测的结果不尽相同(见图1),其中预测的共同α-螺旋区段为分别在TGEV M蛋白分子N端第17～24，186～192，222～225和253～262;共同的β-折叠区段为10～12，59～69，76～80，85～88，96～101，107～117，123～142，157～159，167～169，177～181，206～209，214～219和233～237;共同的转角区域为31～33，35～37，43～45，56～58，70～71，143～146和152～153。Garnier-Robson 方法预测的无规卷曲区域为72～74，103～105，147～151，184～185和240～242(见图1)。此外，Karplus-Schulz 方法预测的柔性区域为 23～28，30～39，43～46，72～74，141～145，150～154，171～176，183～185，200～203，211～214，221～230和237～257(见图1)。 　　利用在线TMHMM Server v2.0 对TGEV M蛋白的跨膜区分析显示(见图2)：M蛋白跨膜3次，即47～69、76～98和113～135区段;而1～46和99～112区段位于膜外区，70～75和136～262区段位于膜内区。 　　此外，我们对TGEV国内 参考 株如HN2002、TS等的M蛋白进行了如上述分析，其结果与Purdue株TGEV M蛋