多基因表达计数技术及其生物医学应用-中国医药生物技术.pdfVIP

中国医药生物技术 2012 年12 月第7 卷第6 期 Chin Med Biotechnol, December 2012, Vol. 7, No. 6 441 DOI:10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2012.06.007 ·综述· 多基因表达计数技术及其生物医学应用 陈阳，何琪杨 许多慢性病如心脑血管疾病、糖尿病、肿瘤或是慢性传 报告探针是 NAS 的核心技术，其作用是显示特定的基 染病如艾滋病、病毒性肝炎均涉及多种基因的相互作用，检 因。它由一段特异性结合序列、一段线性化的 M13 噬菌体 测疾病和药物治疗过程中大量基因的表达变化，将为疾病的 DNA 和 4 组 15 bp 长的重复序列（5-repeat ）组成。线性 诊断和疗效评价提供可靠的分子标志物。除了共性变化之 化的 M13 噬菌体 DNA 上标记了 4 色 7 位的荧光编码 外，疾病的发生和治疗还具有明显的个体差异，发展整合个 （分子条形码），所选择的荧光染料分别为 Alexa488 、 体组学鉴定可能是揭示个体差异的重要途径，斯坦福大学医 Alexa594 、Alexa647 和 Cy3 ，每一个荧光编码代表一种特 学院的 Michael Snyder 教授课题组首次报道了此方面的研 定的基因。理论上，7 位的 4 色荧光最多可以编码 16384 究成果。使用基因芯片、蛋白质组学和代谢组学的方法，历 （47 ）个基因。捕获探针的作用是固定杂交后的复合物，除 时两年半跟踪监测了一名志愿者体内 4 万余种基因以及蛋 包含特异结合序列外，还有 2 组 15 bp 长的重复序列 白质水平的分子变化，比临床其他指标更早地发现了该志愿 （3-repeat ），该序列的末端连接有生物素（biotin ），可以与 者已罹患糖尿病[1] 。虽然基因表达的数据在疾病诊断和治疗 包被链亲和素的样品处理板（sample cartridge ）结合。 中起重要的作用，但由于不能对细胞内基因表达的数量进行 在设计探针时，首先按照引物设计的一般原则为每一个 准确定量，根据对照组样本得到的相对量，不同实验或不同 目标基因选择一段 100 bp 左右长度的互补序列，再将其分 实验室均存在巨大的差异。可比性差是现在基因表达研究中 为两个 50 bp 的序列，两个序列都要满足与非特异扩增序 存在的最大障碍，限制了基因表达评价指标的临床应用。近 列的同源性应小于 85% ，或少于连续 15 个的互补碱基时， 年来，美国 NanoString 公司研发的多基因表达计数系统 才能够作为捕获探针和报告探针的特异性结合序列。科研人 （nCounter assay system ，NAS ）有可能克服上述难题。 员已经建立了人和小鼠的基于目标基因、互补序列、分子条 NAS 技术诞生于 Leroy Hood 博士创立的系统生物学 形码的数据库，并根据不同研究的需要，提供相关基因的检 研究所。管理该研究所基因芯片实验室的 Krassen Dimitrov 测试剂盒。 首先提出了分子条形码的概念，并进行了原理验证。2008 1.2 NAS 的实验流程 年，Nature Biotechnology 杂志上以封面故事的形式报道了 NAS 的系统组成，包括样品制备工作站（Prep Station ） 他们的研究成果[2] 。该技术可以直接定量同一个样本中的 与数据分析仪（Digital Analyzer ）两个部分。其实验流程包 [3] 800 种基因的表达量，无需 RN