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从二维连接表到分子结构式图 罗操操 许禄 (中国科学院长春应用化学研究所，长春130022) 摘要在结构解析过程中，分子结构的显有模板法、最优构象投影法及启发式方 法等。本研究运用启发式方法，该种方法的核心是从分子的二维连接表出发，按照 一定规则把分子分成包含若干原子和键的单元，先搭建分子的最复杂单元，以其 为骨架，然后从复杂单元到简单单元依次构造。所得结果良好。 关键词分子结构二维连接 ， 1．前言 分子中原子彼此的连接关系可以用矩阵或特定的表来表示，通常称为连接矩阵或连接表． 这种矩阵或表为二维形式，因此称为二维连接矩阵或是二维连接表。 由二维连接表(矩阵) 到二维结构式的转换是非常重要的，它有多种用途，其中最重要的是在结构解析专家系统中 的应用。 结构解析专家系统【l】是计算机化学的前沿课题。 已有的系统，尽管在具体的实现上有差 异，但在逻辑上是相同的，即首先由试验(如：阳vIR，MS，瓜)数据推得结构的片断；在结构片 断采集的基础上穷举生成整体结构(常称为候选化合物)；候选化合物的验证和输出。 候选化合物在计算机的表示即为二维连接表，这种连接表并无坐标的信息．为了最终结 果的可视性。则须进行由二维连接表到分子结构式的转换。目前，已有的方法是吲：(1)模板法， 计算机存储大量的模板，如苯环等，然后根据二维连接表进行结构的对接．如美国CAS采用 的就是这种方案；(2)使分子首先在三维空间有一最优构象，然后寻找投影方向，使得在二维 平面上的投影覆盖面积最大，即原子一原子，键一键离的最开。这种方案的思想由美国斯 坦福大学所提出1；(3)启发式方法(Heuristic 但是，迄今为止可借鉴的文献还很少。 目前，第(2)和第(3)种方法国内未见报道。 从分子的二维连接表直接显示分子的结构式图并不只是用于结构解析专家系统，它的英 文名称为StructureGeneration，简称SDG，在以下三种情况下用到H】： Diagram novo (1)从头生成(De 坐标。比如有机物结构解析专家系统生成的二维连接表：一些线性编码描述的结构，如 SMILE；等等一些情况。 (2)结构处理．适用于已有坐标信息，但根据坐标得到的分子结构图并不是很优美的情 况。如在结构绘制软件中随手画出的分子，可能就需要根据连接关系对坐标进行调整。 (3)3一D到2一D转换。 近年来，我们研制了结构解析专家系统ESESOC．为此系统，以启发式方法为主，我们开 展了由整体结构对接所得化合物的二维连接表转换维化合物的结构图的研究，同时借鉴了 Steinbackt51等人的工作．现已取得良好的结果．该文对这种方法做出具体介绍。 130 2．方法 所使用的方法的核心思想就是：按照一定规则把分子分成包含若干原子和键的单元，先 搭建分子的最复杂单元，以最复杂单元为骨架，然后从复杂单元到简单单元依次构造。 单元 一旦构造好后，其中原子之间的相对位置不在变化，成为己固定单元。单元可以简单分为两 种：环系统和链，环系统比链复杂。对相同类型的单元，原子数目多的单元更复杂．每个单 元有2种状态：已放置(所有原子都被赋予坐标)和未放置(所有原子都未被赋予坐标)．对 于每个原子也有已放置(已被赋予坐标)和未放置(未被赋予坐标)两种状态。整个具体可 以分为五个步骤： (1)初始特征分析。 (2)分子中最复杂单元原子坐标的赋值，对有环的分子来说，最复杂单元即为环系统；对 无环的分子则为最长链。 (3)其它原子坐标的赋值。 (4)坐标优化。 (5)结构输出。 下面对各个步骤进行说明。． 2．1初始特征分析 计算化合物中基元环的数目．基元环的集合有如下特点：该集合包括结构图中所有在环 上的边和结点，而且环的数目是最少的。结构图中的基元环的数目符合方程： 环数=键数．原子数+1 其中，键是指结构中非氢原子之问的连接，原子是指结构中非氢原子。一个结构图的基 元环集合不是唯一的，它与遍历的方法有关。 2．2分子中最复杂单元原子坐标的