高粱花叶病毒广西甘蔗分离物全基因组序列分析.docxVIP

基因组学与应用生物学，2014 年，第 33 卷，第 5 期，第 953-960 页Genomics and Applied Biology, 2014, Vol.33, No.5, 953-960研究论文Research Article高粱花叶病毒广西甘蔗分离物全基因组序列分析周龙武 1 徐正银 2 唐瑶 1 吕榜丽 2 李建勇 2 司慧娟 1 温荣辉 1* 陈保善 1,3 *1 广西大学生命科学与技术学院, 南宁, 530005; 2 广西大学农学院, 南宁, 530005; 3 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室(广西大学),南宁, 530005通讯作者, mailto:wenrh@gxu.edu.cnwenrh@gxu.edu.cn, chenyaoj@ gxu.edu.cn摘 要 近年来，高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus, SrMV)已成为危害广西甘蔗的主要病原病毒，但尚 未见侵染本地区甘蔗的 SrMV 全基因组序列的报道。本研究以田间一株感染 SrMV 的甘蔗为材料，提取叶 片总 RNA，通过 RT-PCR 及 RACE 技术扩增获得 9 626 nt (不包括 polyA 尾)的病毒全长基因组序列，命名 为 SrMV-GX。序列分析表明，SrMV-GX 与浙江萧山分离物(SrMV-XoS)、浙江余杭分离物(SrMV-YH)和美 国德克萨斯州分离物(SrMV-H)的核苷酸同源性分别为 95.4%、94.7%和 80.9%；编码的多聚蛋白氨基酸同 源性分别为 97.8%、98.4%和 90.4%。与马铃薯 Y 病毒科的其它成员一样，SrMV-GX 基因组中存在一个小 的 ORF (pretty interesting potyviridae ORF, pipo)，且其序列非常保守。本研究对 SrMV-GX 进行序列分析，为 进一步研究 SrMV 的遗传多样性，改进现有的检测方法及培育健康脱毒甘蔗种苗提供理论依据。关键词 高粱花叶病毒, 全基因组, 序列分析, pipo 基因Complete Genome Sequence Analysis of Sorghum Mosaic Virus from Sug- arcane in GuangxiZhou Longwu 1Xu Zhengyin 2Tang Yao 1Lv Bangli 2Li Jianyong 2Si Huijuan 1Wen Ronghui 1*Chen Baoshan 1,3 *1 College of Life Science and Technology fo Guangxi University, Nanning, 530005; 2 Agricultural College of Guangxi University, Nanning, 530005; 3 State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources, Guangxi University, Nanning, 530005Corresponding authors, mailto:wenrh@gxu.edu.cnwenrh@gxu.edu.cn, chenyaoj@ gxu.edu.cn DOI: 10.13417/j.gab.033.000953Abstract Recently, sorghum mosaic virus (SrMV) has become a major pathogenic virus in sugarcane of Guangxi province, which could constitute a serious risk to the sugarcane production. So far, there is no report of a complete genome sequence of SrMV infected sugarcane in Guangxi. The total RNA of sugarcane infected SrMV was ex- tracted and RT-PCR and RACE were used to amplify the full length genome sequence of SrMV. A 9 626 nt viral genome sequence was obtained and named SrMV-GX. Sequence analysis showed that SrMV-GX shared 95.4%, 94.7% and 80.9%