抗菌肽与细胞膜相互作用机制的分子动力学模拟研究.pdfVIP

第 30卷第 6期 德 州 学 院 学 报 Vo1．30，NO．6 2014年 12月 JournalofDezhouUniversity Dec．，2014 抗菌肽与细胞膜相互作用机制的分子动力学模拟研究 彭 冉 ，毛文超 ，赵立岭 ，曹赞霞 ，王吉华 (1．山东省功能大分子生物物理重点实验室，德州学院 物理与电子信息学院，山东 德州 253023 2．山东师范大学 物理与电子科学学院，济南 250014) 摘 要：抗菌肽 由于其具有天然抗菌特性，且对生物体毒副作用小，有望作为新一代抗菌药物而得到了广泛的 关注．作为研究生物大分子 的有效工具，分子动力学模拟技术被用来研究抗菌肽 的抗菌机制及与细菌膜的相互作 用．回顾近年来抗菌肽与膜相互作用分子动力学模拟研究，理清利用全原子模型和粗粒化模型模拟抗菌肽与细菌 膜作用情况，包括模拟力场的选择、细菌膜模型的建立 ，以及利用模拟得到肽 ／膜作用信息等，对了解抗菌肽的抗菌 活性及新药设计提供帮助． 关键词 ：抗菌肽 ；分子动力学模拟 ；全原子模型；粗粒化模型；细菌膜 中图分类号 ：Q51 文献标识码 ：A 文章编号 ：1004—9444(2014)06—0014—07 sheet和p—bridge以及 loop等结构 [9 ． 1 引言 研究发现n¨，虽然抗菌肽的一级结构 的同源性 很低．但对一些抗菌肽进行氨基酸序列 比对发现 ，不 近些年来，抗生素的过分使用导致细菌等微生 同来源的抗菌肽在某些特定位点有高度一致性 ，例 物的抗药性逐渐增强 ，甚至出现了一些超级细菌 ， 如多富含赖氨酸和精氨酸．因为精氨酸和赖氨酸 的 这使得人们希望尽快找到比传统抗生素更有效的抗 存在 ，通常带有 2～7个净正电荷 ，表现出较强 的阳 菌药物．生物体内广泛存在的抗菌肽，由于其具有天 离子特征口 ．等电点通常大于 7，一般都具有两亲性 然抗菌特性且对宿主毒副作用小等优势，引起越来 结构 ，有一个疏水区域与脂质结合 ，一个带正电荷 的 越多的关注 ]． 亲水区域与水或者带负电荷的残基结合．这些特性 抗 菌肽又称抗微生物肽 (antimicrobialpep— 使得抗菌肽能够很好地与由两性分子构成 、特别是 tides，AMPs)，是构成机体天然免疫系统 的重要组 呈 电负性的细胞膜结合 ，通过破坏膜或使膜通透性 成部分．抗菌肽几乎是所有生命物种都有的重要免 增加杀死靶细胞_3 ]，或者通过其它机制改变膜 疫分子 ，不但具有抗菌抑菌功能，对病毒、某些肿瘤、 的位置，然后杀死靶细胞 ，这是抗菌肽与细菌细胞膜 真菌也具有一定抑制作用 ]．随着研究的深入 ，关于 发生相互作用的结构基础_1”]．抗菌肽通过与膜相 抗菌肽的相关数据越来越多．根据不 同的目的，现有 互作用改变脂双层膜的构造，使膜的通透性增加 ，导 关于抗菌肽的数据库近 2O个．其 中，YADAMPl4收 致膜去极化 ，从而发挥抗菌作用．抗菌肽与细菌膜的 录了2525条抗菌肽序列 ，CAMP[5]收录有 5040条 相互作用机制可 归结 为 4种模 型 ，即木桶板模 抗菌肽序列和 682个抗菌肽结构 ，APD [。收录有 型[1、环形孔模型口 、地毯模型 或者去垢剂模型 2343条抗菌肽信息，DAMPD ]收录有 1232条信 [20] 息． 近年来 ，对抗菌肽与细菌膜作用特征进行 了大 天然抗