借助于细胞大规模培养的生物制药工程与科学问题研究.ppt

外界环境对细胞生理特性的影响主要表现形式 细胞的信号传导系统对外界环境条件的响应，引起细胞转录表达系统的变化，进而引起细胞代谢网络的变化。 外界环境（如温度、pH）对菌体胞内酶的作用或代谢速率所产生的影响； 由于反应器混合传递所引起的基质（如氧、各种碳源、氮源）供应不足或过量，由此产生的胞内代谢的变化（能量、代谢流、代谢网络结构等）； 细胞的群体效应：菌龄的非一致性；菌间的相互作用 信号转导模式  外界信号刺激 HPK P RR HPK RR P DNA转录水平 Protein products 膜外配体结合区 ATP ADP His位点 Asn 这种影响是相互的 这种环境因素 （或者称“环境组”，envirome） 与菌体代谢的相互影响 环境组学研究 把工业微生物发酵反应器体系作为相对封闭的生态系统， 作为系统生物学研究的一部分：用系统生物学的方法开展全域性（global）研究 微生物与外在环境相互作用关系 基因组表达的时序及环境适用性和相互作用 蛋白质组的时序及环境适用性和相互作用 代谢组的时序及环境适用性研究 与生物过程研究相联系：时变、动态 高度分支科学研究与发酵过程全局优化 过程优化的切入点？ 因此，在大量的原始数据和原始资料中提取出具有明确生物意义的生物信息就成为重要问题。 但是由单一生理调控机制出发做出的研究只是揭示了生理调控的局部和某一时段的特点，因此难于对全局优化起决定性作用。 如何整体性看待遗传和生理特性，把宏观研究与微观研究相结合就成为很重要的问题。 复杂系统多尺度观点的应用 ──工程学方法 生物细胞 基因尺度 细胞尺度 反应器尺度 生物反应器 信号转导 动力学因子 代谢流 内部反馈 环境变量 加氮源 稀释率 搅拌 通气 加碳源 加前体 加酸 加碱 加热 …… 操作变量 时间尺度与空间尺度 以多尺度参数相关的理论方法解决单一生理调控机制出发的研究缺乏全局性概念的问题。 呈网络多输入多输出关系 不是简单的统计热力学关系 网络结构表现在不同尺度的网络状态的互动关系─── 多输入多输出关系 能量流、物质流、信息流 生命属性所特有的时空串联反应关系 微生物代谢流─── 网络研究的的核心问题 多尺度参数相关分析 每个尺度都有不同的学科原理和变化规律 研究它们的量变到质变，以及由此形成的对复杂系统总体的影响 导致发酵过程参数相关性响应的原理与方法 在众多因素的海量数据中找出发酵过程全局优化的敏感生理参数。 跨尺度观察与操作 工业过程通常只在反应器尺度上进行测量与操作 可以从低一尺度层次来预测另一尺度层次的规律 DO-发酵液中溶解氧浓度、OUR-菌体代谢耗氧速率、CER-二氧化碳释放速率、RQ-呼吸商-代谢途径、KLa-生物反应器中氧传递速率、pH酸碱度、菌体浓度、…等40多个参数9-25小时之间 RQ呈低谷状 必需限制补葡萄糖 新型食品添加剂呈味核苷酸二钠生产关键技术优化研究 参数相关分析与状态方程建立 通过鸟苷发酵过程的数据采集发现： 4040小时OUR下降，耗糖速率增加，氨氮用量增加 鸟苷产率迅速下降──代谢流迁移 生物反应器：测量观察值 多尺度：细胞代谢流？ 状态方程建立与系统识别 17 种氨基酸的时序变化 纸层析分析 有机酸的积累 实测结果：代谢流分析 35小时：丙酮酸、丙氨酸积累 代谢途径迁移的酶学测试 ─── HMP途经→EMP途经 磷酸果糖激酶 磷酸葡萄糖脱氢酶 丙酮酸激酶 柠檬酸合成酶 丙氨酸脱氢酶 跨尺度分析与工艺改进 确定以代谢流由EMP向HMP途径回复迁移为目标进行过程工艺优化，并以OUR的下降作为跨尺度操作的相关因子 发现调控因子A加入后短期内OUR的下降速度就开始放慢，到48小时开始维持稳定直至放罐，并且发酵后期的糖耗速率也变慢 关键技术 工艺改进后实施效果 小试与中试规模 ： 17.2克/L →34克/L(60小时) 100M3生产规模 ： 16克/L →32克/L(60小时) 生物反应器过程放大 生物过程放大的困难 放大时不可能同时做到几何相似、流体运动学相似和流体动力学相似，当在小试研究时某一个对生产产生影响的重要因素没有被观察到，而这个因素恰恰在放大时成为关键因子时，就会造成整个发酵过程放大的失败。 此外，传统发酵优化在考察环境对菌体发酵的影响时往往将环境因素看为均匀的平均值，而且只关注其对发酵最终结果的影响，由此建立的大多是非结构化的细胞发酵动力学模型。 流场特性 可归结为生物反应器内流体力学研究所得到的流场特性，