彩色的格子表示在相应物种中检测到的TAS3基.pptx

水稻小RNA的基因组分布和分子进化研究生物化学与分子生物学王晟樊龙江 教授，李德葆 教授2008-6-9大纲第1章 文献综述 第2章 水稻等禾本科TAS3基因的比较与分子进化分析第3章 水稻MIR156b/c基因的进化与选择分析第4章 水稻小RNA的全基因组分析第1章 文献综述植物小RNA植物基因组的倍增事件 siRNAmicroRNAtasiRNA植物中的小RNA途径 (Bonnet et al., 2006)植物基因组的倍增事件水稻 (A) 和拟南芥 (B) 倍增基因对点状示意图 (Zhang et al., 2005)(Zhang et al., 2005)第2章 水稻等禾本科TAS3基因的比较与分子进化禾本科中候选TAS3基因的鉴别TAS3基因的系统发育和进化分析TAS3基因的其他特征TAS3基因Two-tasiARF TAS3 ……miRNA bindingsitemiRNA bindingsitetasiARFtasiARFOne-tasiARF TAS3…… miRNA bindingsitemiRNA bindingsitetasiARFTAS3基因的系统发育树松：红色双子叶植物：浅蓝色禾本科的 TAS3 基因：黑蓝色 禾本科中one-tasiARF TAS3基因的系统发育树禾本科中two-tasiARF TAS3基因的系统发育树TAS3基因的计算识别TAS3基因的进化 植物中TAS3基因的进化彩色的格子表示在相应物种中检测到的TAS3基因，不同的颜色代表不同的亚类或组。缩写：Os: 水稻; Hv: 大麦; Ta: 小麦; Zm: 玉米;Sb: 高粱; Br: 十字花科; Ot: 除了Br以外的双子叶植物；Pi：白云杉和北美云杉；Pt：火炬松；Pp： 小立碗藓; Gym: 裸子植物。 TAS3基因的PCR扩增和测序基于数据库挖掘找到的TAS3基因上保守的tasiARF和3’miR390互补位点设计三对PCR引物，分别被用来扩增玉米，大麦，小麦，高粱和甘蔗上的one- 和 two-tasiARF TAS3 基因（EU327115-EU327141）。 部分one-tasiARF TAS3基因的多序列联配 部分two-tasiARF TAS3基因的多序列联配3’末端的相位保守性在tasiARF 和3’ miR390 互补位点之间的区域上，相位排布结构具有高度的保守性，3’区域序列长度严格按照以相位长度（21 nt）为单位的变化规则。C结合位点和相位序列的保守性禾本科中tasiARF和两个miR390互补位点上序列保守性每个位置上的标识（logo）的高度，对应于位点的保守性。TAS3基因的起源水稻中的TAS3-like基因座位位于miR390靶基因LRR-kinase编码区的TAS3-like基因禾本科和苔藓中TAS3基因的茎环结构tasiARF 5’端的5个核苷酸（UUCUU）位于顶部的环上第3章 水稻MIR156b/c基因的进化与选择分析基因组倍增驱动的MIR156b/c 的进化禾本科作物之间MIR156b/c 的高度保守性MIR156b/c的遗传多样性和选择分析水稻miR156家族的基因组分布和系统发育树MIR156b/c在禾本科中的保守性MIR156b/c 在水稻，玉米和高粱基因组上的共线性。水稻、玉米和高粱MIR156b/c基因的基因组序列联配结果MIR156b/c的遗传多样性和选择核酸多态性和选择检验第4章 水稻小RNA的全基因组分析小RNA序列的概况 产生小RNA位点的分布 在种子两个发育时期表达存在差异的基因座位水稻基因组复制块上小RNA分布的差异 数据来源和分析材料为粳稻（日本晴）发育的种子，分别在受精后（days-after-fertilization，DAF）1-5天（G1期）和6-10天（G6期）两个发育时期收集小RNA样品。通过Illumina高通量测序技术，获得了680多万条非冗余的小RNA读序。用BLAST将其定位到水稻基因组上（TIGR，版本5）。小RNA的序列，位置和来源等信息存入MySQL数据库，其中位置信息基于Bio::DB::GFF数据库模式，按照称为’bin’的格式存储，可以将查询速度提高1~2个数量级。小RNA序列的概况小RNA数量分布这些小RNA所覆盖的基因组序列长度为42,826,369 bp，占水稻基因组（372,077,801）的11.5%。这些小RNA中，89.4%（17,898,912条）的长度为21~24 nt，其中主要是24 nt（65.0%）。小RNA沿染色体的数量分布状况橙色曲线表示重复归一化后的小RNA的数量蓝色曲线和红色曲线分别表示逆转录元件和转座子的百分比（%）黑色部分为非重复序列的百分比（%）红色的短线对应中心粒及其周围区域的位置小RNA在基