生物信息学bioinf1.ppt

* * 一、生物信息学科的发展和研究内容 生物信息学是信息科学领域和生命科学领域的一门新兴的、应用型交叉学科。 以计算机为主要工具，以大量生物数据库（500）和分析软件为基础 依赖于因特网 为人类揭示生命的奥秘提供了一条新的途径 采用数理和信息科学的理论、技术和方法，分析生物学数据，研究生命现象的一门科学 生物信息学 (Bioinformatics) Computational biology Biology with computer 1991 DDBJ 核苷酸数据库 1986 GenBank 和 EMBL核苷酸数据库 1982 1、发展简况 SWISS-PROT蛋白质数据库 1986 国际人类基因组测序计划启动 1990 BLAST程序 1990 National Center for Biotechnology Information (NCBI) of National Institute of Health (NIH) 1988 最先收集的是蛋白质序列 Margret Dayhoff 和她的同事 Protein sequence atlas 1960s Protein Information Resource （PIR） 生物信息学学科的迅速发展在90年代 Human genome project (HGP) 10年时间完成了人类基因组草图（draft sequence) 30亿个碱基对 对3万多个基因进行了注释 2、生物信息学基本方法和技术 建立生物数据库 各种公共数据库 本地化数据库 数据库检索 各种数据检索工具的开发和使用 Entrez检索体系 BLAST检索体系 生物大分子序列分析 Homologous sequence analysis（同源序列分析） Multiple sequence alignment [多序列对位（对齐）排列] Evolution analysis（进化分析） Phylogenetic prediction（系统发育分析） 进化方式分析 进化位点分析 基因组分析 序列拼接 序列注释 分析结果举例 基因功能、结构分析 蛋白质功能、结构分析 蛋白质三维结构预测 蛋白质修饰 Electron PCR 统计模型 Hidden Markov model（HMM，隐马尔可夫模型） 基因识别和药物设计 Maximum likelihood model（最大似然模型） 序列进化分析 数学算法 自动序列拼接 外显子预测 同源序列比较 收集、整理、储存、加工、发布和分析生物学数据 3、生物信息学的研究内容 发展新的数理和信息科学的技术和方法用于管理和分析生物数据 （生物工作者） （数理和信息科学工作者） 4、生物信息学的应用 基础研究和教学 分子生物学研究的重要手段之一 生命科学的教学 药物开发 新药筛选 药靶设计 分子药理学研究 疾病诊断 利用疑难病症的病原DNA序列诊断疾病 遗传病 其他 环境监测 食品安全检测 海关检测 5、因特网的域名（domain name)规定 三级或四级域名 四级域名.三级域名.二级域名.顶级域名 我校一台名为bioinformatics 主机的域名 6、本课程主要内容 利用国际上共享的数据库和分析软件 检索数据库 分析和解释实验数据（核苷酸和蛋白质序列） 序列数据的检索和分析 比较基因组学（comparative genomics） 物种进化 7、上机操作 初步了解Internet上 的数据库和分析工具 Internet 上的自教课程 /Education http://www.ebi.ac.uk/2can * * * * *