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Accession number 現今Accession numbers的格式為英文2字母、底線、6個數字，例如：NT_123456、NM_123456、NC_123456、NG_123456、XM_123456、XR_123456，其給定的規則為: New:two uppercase letters (for DB so that it is unique across the Collaboration) + six digits Old:one uppercase letter + five digits GI number 從1922年起 NCBI 開始給定 gi number來將所有sequences?? processed into Entrez (internal processing). 名字來源為 GenInfo Identifiers (gi)。 gi?number就像是資料庫系統中所需要的Primary?key，因為每筆NCBI所處理的資料都必須留下記錄，舊的資料必須留下，新的也要給個不同的號碼，為了方便處理，用完全由數字組成的gi number來代表所有NCBI處理過的所有序列資料。 FASTA format A sequence in FASTA format consists of: One line starting with a sign, followed by a sequence identification code. It is optionally be followed by a textual description of the sequence. One or more lines containing the sequence itself. FASTA format A file in FASTA format may comprise more than one sequence. The FASTA format is sometimes also referred to as the Pearson format (after the author of the FASTA program and ditto format). Fasta format construct Fasta format construct: 將要處理的序列貼到Word，調整上方的尺規，將每一列的長度固定在想要的範圍。 將檔案另存新檔，並選擇儲存成純文字檔(*.txt)，之後會出現檔案轉換，選擇插入分行符號，輸出的檔案就會自動分行。 將要處理的序列貼到word 並將其存成doc檔 改變上方的尺規長度 調整至每行所需要字數 column mode Column mode: 在Word程式裡面按住alt並用滑鼠拖曳要選取的範圍，就能夠隨意選取想要的範圍。 選取之後案ctrl+c 複製，在空白處或 其他文字編輯器貼 上。 BLAST 開啟網站/ 選擇DNA -Protein 轉譯序列 貼上DNA序列 按Translate Sequence 將轉譯出六種結果 5’3’ 3’5’為轉譯的方向端 Frame後的編號表示序列位移後轉換的結果 (3個DNA序轉譯1個氨基酸) 進入NCBI網站 選擇BLAST BLASTN可用來比對核酸序列 BLASTP則是用來比對蛋白質序列 之前已經將續列轉成蛋白質序列 所以使用BLASTP 解譯出的protein片段放入BLAST比對 下半段列出比對的結果 像本例sars7a 比對其中21個氨基酸 相似度identities 87% 蛋白質2HOB 2HOB為pdb編號 因此先進PDB網站 在搜尋列中打入2HOB 該網站就能顯示出相關資訊 紅框處可以下載PDB Helical有74氨基酸 Strand有88氨基酸 黑線無二級結構 紅線為helices 藍色箭頭為strand 黃線為turn Sars-Cov(2hob) Name：sars-cov main protease with authentic n and c-termini in complex with a michael acceptor n3 Function：removing the fusion tags in fusion protein expression systems. Classification：Viral Protein 結構顯示 安裝rasmol 開啟下載的pdb檔 SARS介紹 SARS(severe acute respiratory syndrome) 嚴重急性呼吸道症候群是世界衛生組織(WHO)於2003年三月