调控水稻光敏不育基因pms3的rna二级结构测定和rpa3017蛋白的晶体结构研究-生物化学与分子生物学专业论文.docx

研究生优秀毕业论文调控水稻光敏不育基因pros3的RNA二级结构测定和RPA3 1 07蛋白的晶体结构研究目录中文摘要．iAbstract．．．．．．．．。．。．．．．．．．．．．．．。。．．．．．．．．．．．．．。。．．．．．．．．．．．，．．。．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．，．．．．．．．．．．．．．．．．．，．，．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．iii缩写名词表．v第一章调控水稻光敏不育基因pros3的RNA二级结构测定．．1 1文献综述11．1研究问题的由来一11．2水稻雄性不育研究进展11．2．1水稻细胞质雄性不育．21．2．2水稻光(温)敏雄性不育的研究进展．．21．3Non-codingRNA的研究进展．．41．3．1Longnoll-codingRNA4113．2miRNAs，siRNAs和phasiRNAs_51．3．3RNA二级结构的功能61。4RNA二级结构研究进展．71．4．1RNA二级结构的化学方法分析81．4．2RNA二级结构预测的研究进展．．101．5研究的目的和意义112材料和方法一1l2．1载体构建1l2．2SHAPE法单碱基分辨率分析RNA二级结构．．122．2．1RNA的体外转录．122．2．2SHAPE法一133结果与分析．．153．1RNA-2．级结构的软件预测对比153．2SHAPE方法的最优条件183．3二级结构的软件预测以及与实验结合．．194讨{仑214．1磷屏扫描图的分析214．2Transcripf．，的RNA二级结构．．22第二章RPA3107蛋白的晶体结构研究231文献综述．231．1双组分信号转导系统概述．231．2组氨酸蛋白激酶241．2．1蛋白结构域组成241．2．2中心激酶结构域的结构和功能251．2．3传递信号机制．．271．2．4磷酸基团传递的特异性．．271．3信号反应调节因子271．3．1 RR结构域结构及接收子活性．271．3．2接收子结构域的结构功能．．291．3．3信号反应调节因子研究进展．．291．4结构生物学301．4．1概述．130万方数据华中农业大学2015届硕士学位论文1．4．2蛋白质晶体311．4．3数据收集．321．4．4相位问题及解析方法．331．4．5结构修正．351．5本研究的目的与意义362材料与方法．．362．1蛋白质的表达和纯化362．1．1母体蛋白的表达纯化．．362．1．2硒代蛋白的表达纯化一362．2RPA3017和SeMet—RPA3017蛋白结晶条件筛选与晶体优化．372．2．1初试结晶条件的筛选一372．2．2结晶条件的优化一372．3晶体x光衍射数据收集，结构模型的构建和优化．372．3．1晶体衍射数据收集处理372．3．2结构的解析～373结果与分析．383．1RPA3017蛋白的表达纯化．383．2晶体生长及优化393．2．1结晶条件初筛结果．．393-22晶体的优化．．393．3衍射数据收集及数据处理4l3．4结构解析423．4．1 RPA3017晶体结构解析一423．4．2最终模型的质量评估．．433．5RPA3017蛋白结构分析453．5．1砌)A3017总体结构概述及活性位点处结构453．5．2RPA3017二聚体结构～463．5．3比较RPA3017的结构与家族中其他反应调节因子的结构差异483．5．4RPA3017与RpBphP2之间磷酸基团传递反应一493．5．5RPA3017和RpBphP2的组氨酸激酶结构域之间的互作界面5l3．5．6RPA3017特异识别序列一524讨论544．1RPA3017在植物中的同源蛋白．544．2晶体结晶条件的优化55参考文献．．56附录I溶液配制．62附录II试验方法64致谢69II万方数据调控水稻光敏不育基因pros3的RNA二级结构测定和RPA3107蛋白的品体结构研究中文摘要农垦58S为光温敏雄性核不育水稻品种，其在长【兰I高温下不育、在短日低温下可育，是水稻育种中两系法的重要种质资源。前人己对控制这种光敏感核不育的基因进行了遗传定位与分析，研究发现pros3是直接导致农垦58S与农垦58育性分离的基因，分离克隆后对其进行初步功能研究发现pms3的候选基因transcript-，不编码蛋白质而是转录成为longnon．codingRNA(1ncRNA)，在58S与58N中仅有～个SNP的差别。pms3的trascript一，转录出的RNA并不翻译蛋白质，所以研究其发挥功能的机理可以通过研究其作为miRNA对下游的核酸或蛋白质互作起到的调控育性的作用，或者依靠研究其作为lncRNA折叠出二级结构然后与蛋白质相互作用从而发挥的功能。RNA的二级结构可以利用软件预测和实验探测两种方法来研究，本研究用了多种预测RNA二级结构