分子模拟towhee软件介绍17页.pptxVIP

Towhee 软件介绍 Towhee软件的使用 报告内容 Towhee input 文件 模拟过程的关键点 下一步工作计划 1 2 3 4 Towhee软件的使用 编译 右键打开终端，键入 ./configure cd Sourcemake towhee 运行 右键打开终端，键入 sudo ln [towhee_dir]/Source/towhee /usr/bin/ 这样每次直接输入towhee就可运行 Towhee input 文件 1 随机数设定 inputformat ‘Towhee’   #字符型参数都要使用单引号randomseed1302002random_luxlevel #使用默认3random_allow_restart #一般使用默认，使模拟可以重复T Towhee input 文件 2 模拟控制参数 ensemblenpttemperature298.0d0   #单位 Kpressure101.325d0 #单位 kPanmolty   #分子类型数1nmolectyp #每类分子个数90 numboxes  #盒子数1stepstyle #时间步类型cycles  #每一步移动N次，N为分子数nstep  1 Towhee input 文件 3 输出控制参数 pdb_output_freq ，1        loutdft #是否输出用于Tramonto的文件.false.  loutlammps  #是否输出用于lammps的文件.false. printfreq1000   blocksize 2000moviefreq100000backupfreq  1000runoutput #输出信息。‘full’ #‘full’代表输出所有信息 Towhee input 文件 4 信息更新控制  pressurefreq 20trmaxdispfreq #平动和转动最大位移更新频率。频繁一些可能会加速模拟。1000volmaxdispfreq #体积最大位移更新频率。更新最大位移会使移动接受概率接近设定值。1000 Towhee input 文件 5 力场信息 potentialstyle‘internal’  #内置力场ffnumber #力场种类数1ff_filename #力场路径和名称towhee_ff_Charmm22classical_potential #VDW势‘Lennard-Jones’       classical_mixrule ‘Lorentz-Berthelot’lshift #截断处是否为零.false. ltailc  #截断后是否使用尾部矫正.true.rmin  #内截断，两原子的距离不允许小于rmin1.0d0 rcut  #vdw 截断10.0d0rcutin  #用于CBMC的双截断10.0d0 electrostatic_form #静电作用‘coulomb’coulombstyle  #库仑作用统计方法‘ewald_fixed_kmax‘ kalp 5.6d0kmax5dielect #介电常数1.0d0nfield #外部势0 Towhee input 文件 6 盒子定义 linit  #是否需要生成初始构型，若有towhee_initial文件，则选.false. .false. initboxtype #盒子类型‘dimensions’ #定义盒子的向量initstyle  #生成初始构型的方法。‘full cbmc’ #使用cbmc自动生成initlattice #初始格子的类型‘simple cubic‘ initmol #初始分子数90       inix iniy iniz #每个方向初始分子数8    8    5   hmatrix #三个方向向量22.6d0 0.0d0 0.0d00.0d0  22.6d0 0.0d00.0d0 0.0d0  22.6d0 Towhee input 文件 7 移动定义 pmvol     #体积改变0.01d0    #尝试概率          pmvlpr #特定盒子的体积改变          1.0d0          rmvol  #初始位移，单位埃。一般以rm-开头都代表初始-          0.1d0          tavol  #目标接受概率。一般以ta-开头代表目标-（target）。