序列分析的原理和方法+结构的预测+全序列分析和进化分析PPT.ppt

;序列分析的基本原理就其本质， 主要来源于： 几种主要的记分法和几种基本算法;(一)几种主要记分法;所谓记分法（scoring method）是将被分析的序列中的元素通过某 种手段转化为简单的、直观的、便于计算机处理的数值的方法。 生物信息学将被分析的序列中的氨基酸或核苷酸称为“元素”。 记分法主要有如下几种：;1.性质矩阵法;生物信息学中的算法(algorithm) 指的是根据上述记分法或者元素本身的特征以及在序列或结构中的分布 规律而推导出来的能反映被检序列生物学意义的数学方法。; 1. 动态程序算法;动态程序算法是现代序列分析的发展基础。;该算法开始多用于双重序列分析， 包括全序列对齐 (global sequence alignment) 和局部序列对齐 (local sequence alignment)。 ;请指出下面两个序列的保守部分:;;2. 点矩阵作图法;点矩阵作图法(dot matrix)也称图式矩阵(graphic matrix)法。 在矩阵中用点“.”和空位代替动态程序算法中的数字1，0。两条对比的序列中对应的元素相同打点，不相同作空白。 ;两条序列比较，若完全相同，形成的点组成一条对角线；;;CGTTAAGCTTA TTAAGCTTAGC;;;;为了排除不规则散布的点对有意义点模式的干扰，该方法增加了一过滤程序以滤去散杂点，强化有意义的点。;3. 最大期望值算法;最大期望值算法 (expectation maximization algorithm) 简称EM法。;该方法是从多重序列对齐中反复分析找出体现 序列特性的最优模型。;4. 权值矩阵法;上述方法给出了反映序列特征的最优模式。 然而模式中元素对反映序列特征的贡献是平均化的。;然后，在以权值矩阵法为基础建立的程序反复分析，得到的Motifs能反映序列生物学本质。;权值矩阵法;丝氨酸蛋白酶在自然界分布广泛，具有重要的生物学功能。早在70年 代末，His-57、Asp-102和Ser-195作为酶的催化活性中心已经被证明，已被大家所公认。 His-57---Asp-102---Ser-195 (H----------D-----------S) 高等生物至低等生物其丝氨酸蛋白酶均具有类似的功能和结构。将这些物种的相应蛋白序列利用生物信息学上述方法进行分析，得到下图。;Alignment Block Motifs # ;既然病毒的这些蛋白质包含有体现丝氨酸蛋白酶催化活性Motif: H----------D-----------S 我们可以推测病毒的这些蛋白质也具有丝氨酸蛋白酶活性.;生物信息学Blocks和Motifs方法 在病毒研究中的应用. 武汉大学学报, 2000，46（6）：709-716 ;(三)DNA或RNA序列分析;以软件MACAW为例;Reference 1: Proceedings of the National Academy of Sciences USA 87, 2264-2268 (1990) Methods for Assessing the Statistical Significance of Molecular Sequence Features by Using General Scoring Schemes ;Reference 2: Science 262, 208-214 (1993) Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment ; MACAW： Multiple Alignment Construction Analysis Workbench;整理序列;Nucleotide;NS5B;Display;;Default;FASTA;Display;FASTA;FASTA;;整理序列;Alignment Summary Information;3)输入序列;;整理序列;BVDV NS5B CSFV NS5B HCV NS5B;4)选择范围;整理序列;5) 搜寻Blocks;Search For Blocks;Search Results;Search Results;;整理序列;6) 保存项目;NS5B.MCW;整理序列;7) 转换成文本文件;;;整理序列;(四) 蛋白质序列分析;;NS5B;Alignment Summary Information;3)输入序列;另外，Clustal X也是多重序列对齐分析的常用软件。;第四章 结构的预测