计算生物学中若干组合优化问题的研讨.pdfVIP

摘要 摘要 本文主要研究了计算分子生物学中的若干组合优化问题．全文共分为六 章．在论文的第一章里，首先简要介绍了组合优化，计算生物学问题，算法和 时间复杂性等基本概念． 第二章主要研究了单个基因组序列的重排列问题．我们提出一种更具有一 般性意义的新移位操作，并且设计出利用逆序和这种新移位操作对单染色体基 因组重排列的近似算法． 第三章主要研究多染色体中基因组重定位问题．针对多染色体基因组重定 位的一类松弛问题．称作Syntenic／距离问题，我们提出一个新的特殊可解情形， 称为无覆盖特殊类，并且设计出了相应的多项式时间最优算法． 第四章研究了染色体DNA序列重组合问题．我们研究这类问题的多项式时 间特殊可解结构．我们针对一类“树型”结构，指出解这类特殊结构的已有 算法的不完备性，并且对重组“树型”结构进行了更加全面的考虑，设计出 新的算法，并严格证明了新算法的最优性．在这一章中，我们还将新提出一 类DNA序列的特殊可解结构一一“链型”结构，设计出了最优算法，实现了向 “链型”结构DNA序列重组合的最优演变过程． 在第五章里，我们重点讨论DNA序列重组合中，“链型”结构重组合问