生科院-HanBin-20160919PPT.pptx

2016.09.19; 基因组（Genome：Gene＋chromosome）细胞或生物体中一套完整的单倍体遗传物质 基因组学（Genomics） 最早Thomas Roderick在1986年提出，包括基因组作图、测序和分析。 可分为结构基因组学和功能基因组学 ;结构基因组学;基因组、基因、转录组、蛋白质组;基因组作图：遗传作图、物理作图、细胞遗传学作图和表达作图在内的整合图谱。 遗传图：通过亲本的杂交，分析后代的基因间重组率，并用重组率来表示两个基因之间距离的线形连锁图谱。 每条染色体组成一个连锁群，所有染色体的连锁群组成的图谱即构成基因组遗传图。 重组率代表基因位点之间的相对距离。在遗传作图中，人们把一个作图单位定义为1厘摩（cM），1cM等于1%的重组率。 提高遗传作图的分辨率：选用不同的杂交群体；增加杂交群体的数目；增加分子标记的数目；扩大分子标记的来源。 分子标记：绘制基因组遗传图需要的坐标点。 分子标记的主要来源是染色体上存在的大量等位基因。在DNA水平上，两个基因间一个碱基的差异就足以形成等位基因。 ; 2、物理图 （physical map）：指DNA序列上两点的实际距离，它是以DNA的限制酶片段或克隆的大片段的基因组DNA分子为基本单位，以连续的重叠群为基本框架，通过遗传标记将重叠群或基因组DNA分子有序排列于染色体上。 物理图构建方法：杂交法；指纹法；荧光原位杂交技术。;;Rice Chromosome4 maps;The morphology of the 12 rice chromosome;3、基因组测序 传统基因组测序的方法：克隆步移法（BAC-by-BAC Strategy）和全基因组鸟抢法（Whole Genome Shotgun Strategy）。 基因组序列的解读： 基因组注解异常复杂，它是一个繁杂的复合体，既包含了进化历史上原封未动的部分，也有大量的进化史上重要历史事件的遗迹。 基因组有它自身的规律，但是一些“不和谐的韵律”，如从病毒或者原核生物感染或寄生得到的基因组片段、转座元件、假基因以及重复序列的存在，构成了理解基因组结构的四大陷阱。;基因组测序战略 ;;;;;;DNA测序技术更新;植物真核基因组;Nature 436: 793-800, 2005;水稻基因组大小; 4、基因组序列的解读 （Annotating a Genome Sequence） 基因组注解异常??杂，它是一个繁杂的复合体，既包含了进化历史上原封未动的部分，也有大量的进化史上重要历史事件的遗迹。 基因组有它自身的规律，但是一些“不和谐的韵律”，如从病毒或者原核生物感染或寄生得到的基因组片段、转座元件、假基因以及重复序列的存在，构成了理解基因组结构的四大陷阱。;基因组序列注释的三个层次： DNA层次 “Where”，即在基因组序列中，基因在哪里？它是如何转录并拼接的？每个外显子的具体边界在哪里？ 蛋白质层次 “What”，即这个基因编码的蛋白质是什么？它有什么样的一级、二级甚至是三级结构？ 代谢调控过程层次 “How”，即这个蛋白质如何行使功能？它参与了什么样的代谢或调控过程？ 在真核生物中，遗传信息从基因组DNA转录成pre-mRNA，后者经过拼接、戴帽、加尾等加工变成成熟的mRNA，mRNA从细胞核进入细胞质中，在这里被翻译成蛋白质，然后该蛋白质到达它的靶位点行使相应的生物学功能。;核苷酸水平上的分析：基因预测软件以及全长cDNA和EST数据的分析；重复序列、假基因及其他； 蛋白质水平上的分析：核苷酸水平的序列分析给出了每一个基因的准确结构，随后的工作就是命名每个基因所编码的蛋白质，并预测每种蛋白质的可能功能，最终得到一张明确的基因组成清单。 基因家族的分析： Orthologous（直向同源）基因，指共同祖先的直接后代（没有发生基因复制事件）之间的同源基因，具有相近甚至相同的功能，由相似的途径调控，在不同的物种中扮演相似甚至相同的角色； Paralogous（共生同源）基因，指两个物种的同源基因分别是共同祖先基因组中由复制事件而产生的不同拷贝的后代。 基因家族的基因通常属于共生同源基因的范畴。 ;  Annotating a Genome Sequence (1). Gene prediction by software; (2). Gene identification:  expressed sequence tags (ESTs),  homology analysis,  mutations,  comparative