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传染病名词
1、VPg is a protein attached to the 5 end of RNA during RNA synthesis in a wide variety of viruses including 微小病毒科 such as 脊髓灰质炎病毒 . VPg stands for viral protein genome-linked.
2、准种:由连续遗传、竞争和选择所产生的确定但密切相关的突变和重组病毒基因的动态分布。也可以说是病毒基因组可能出现的核苷酸序列的总和。
FMDV的基因组RNA没有单一的明确的核酸序列,而是呈现类群分布
3、非编码区(untranslation region,UTR
(口蹄疫)5′非编码区(untranslation region,UTR)约1300个核苷酸,有丰富的二级结构,第一个nt是U,与VPg共价结合。5′UTR有几个十分保守的序列框,没有帽子结构,但有IRES,共同的结构特点是5个“三叶草”型的二级结构,起始密码子的前十几个核苷酸处有聚嘧啶封闭蛋白(PTB)结合的一个特征性结构。
高度结构性的5′UTR起着稳定RNA的作用,参与调控病毒蛋白翻译和RNA复制。
4、IRES;真核细胞翻译的起始能在两种不同机制下发生,即帽依赖及内部核糖体进入位点方式.后者需通过形成复杂的RNA结构元件称为内部核糖体进入位点/片段(IRES),位于信使RNA 5端非翻译区(5-NTR),在反式作用因子存在的情况下可募集核糖体且不需帽子结构启动翻译.
—4个RNA假结节(pseudoknots,PKs),其功能不清
6、S片段(small fragment)约有360个碱基,形成一个长的茎环结构,这一结构可以使基因组避免宿主细胞核酸酶的消化
7、开放阅读框(orf)
8、PPRV病毒粒子内主要含有六种结构蛋白,即核蛋白(N)、磷蛋白(P)、多聚酶大蛋白(L)、基质蛋白(M)、融合蛋白(F)和血凝素蛋白(H),其中N、P和L三种蛋白构成病毒(pprv)的核衣壳。
8.1、核蛋白(N)主要作用是保护病毒免受RNA核糖核酸酶I(RNaseI)的降解,并与RNA结合参与病毒的转录和翻译过程。N蛋白的抗原性稳定,在病毒感染的动物血清中针对N蛋白的抗体占主导地位,但是,由此类抗体不具有中和病毒的作用。
8.2、H蛋白是一种糖蛋白,构成病毒粒子表面的一种纤突。H蛋白作为病毒和宿主细胞膜结合过程中的受体,具有调节病毒吸附并渗入寄主细胞的作用,并刺激机体产生中和抗体,参与体液保护性免疫,是机体主要的保护性抗原,也是引起宿主细胞发生病变的主要决定因素
8.3、F蛋白是是一种融合蛋白,也是一种糖蛋白,组成病毒囊膜表面的另外一种纤突,也是决定病毒感染成败的关键因素之一。它在病毒诱导的细胞病理学方面发挥着主要的作用,能够诱导产生细胞溶血素、细胞融合以及启动病毒感染细胞的生物学活性。
9、核糖核蛋白体 (RNP病毒的核心包含了存贮病毒信息的遗传物质以及复制这些信息必须的酶。流感病毒的遗传物质是单股负链RNA,简写为ss-RNA,ss-RNA与核蛋白 (NP)向结合,缠绕成核糖核蛋白体 (RNP),以密度极高的形式存在。除了核糖核蛋白体,还有负责RNA转录的RNA多聚酶。
环介导的等温扩增( Loop-mediated Isothermal Amplification, LAMP )技术,是日本荣研化学独自开发的替代 PCR ( Polymerase Chain Reaction )的价廉、迅速、简便、准确的核酸检测( Nucleic Acid Testing, NAT )方法,已在世界范围内申请了技术专利。其特点是对靶基因的 6 个部位设定 4 种引物,利用链置换反应在恒温下使靶基因高效扩增。该方法适用于床边诊断和大量样品同时检测,值得在血液筛检等许多领域应用推广。由于此项技术刚刚建立起来,日本方面仅将该技术开发成牛胚性别诊断试剂推向市场,目前传染病检测领域尚无此技术开发的商业试剂。
LAMP因具有高特异性、高效率和快速反应的特点,可以大量扩增所需的靶序列,故被用于病原微生物的检测和传染性疾病的诊断。如:严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)的检测;分枝杆菌属检测;腺病毒性结膜炎检测;真菌检测;另外,LAMP还可应用于乙型肝炎病毒、流感病毒、水痘带状病毒、假结核耶尔森氏菌、人类疱疹病毒及非洲锥体虫的检测。
LAMP和其他的核酸扩增技术相比,可以在等温条件下,快速、高效、高特异地扩增靶序列。但是,其引物设计比传统的PCR复杂,而且因为其产物的独特性,为单链DNA的分离增加了难度。所以,还需要研究出更加有效的分离方法,同时摸索LAMP反应的条件,从引物的长度与浓度、目的序列的大小、茎环结构的大
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