内蒙古绒山羊角蛋白5(k5)基因启动子多态性及其和绒毛性状相关性-polymorphism of promoter of inner mongolia cashmere goat keratin 5 ( k5 ) gene and its correlation with villi traits.docxVIP

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2018-07-28 发布于上海
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内蒙古绒山羊角蛋白5(k5)基因启动子多态性及其和绒毛性状相关性-polymorphism of promoter of inner mongolia cashmere goat keratin 5 ( k5 ) gene and its correlation with villi traits.docx

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内蒙古绒山羊角蛋白5(k5)基因启动子多态性及其和绒毛性状相关性-polymorphism of promoter of inner mongolia cashmere goat keratin 5 ( k5 ) gene and its correlation with villi traits

目录1引言11.1内蒙古白绒山羊发展概况11.2角蛋白11.2.1角蛋白的分类21.2.2角蛋白的结构21.3角蛋白5(Keratin5,KRT5,K5)及其研究进展21.3.1K5角蛋白的发现、命名及其结构21.3.2K5和K14角蛋白丝的自组织机理41.3.4K5基因启动子的调控与GATA-3转录因子51.3.5K5基因的突变与皮肤病51.3.6K5基因的发展前景6PCR-SSCP(PCR-SingleStrandConformationPolymorphism)6单链构象多态性(SingleStrandConformationPolymorphism,SSCP)概述6PCR-SSCP的基本原理7PCR-SSCP的优缺点71.5本研究的目的与意义72内蒙古绒山羊K5基因启动子的克隆、检测突变位点及序列分析92.1材料与方法92.1.1绒山羊基因组DNA92.1.2主要试剂92.1.3主要仪器92.1.4扩增K5启动子区及检测突变位点的引物设计92.1.5PCR扩增102.1.61%琼脂糖凝胶配制102.1.7PCR扩增产物鉴定102.1.8PCR产物的纯化、克隆及测序112.1.9绒山羊K5基因启动子的序列分析及查找突变位点112.2结果与分析112.2.1PCR扩增结果112.2.2检测多态位点双向测序结果122.2.3内蒙古绒山羊K5启动子序列分析132.3讨论172.4结论183内蒙古绒山羊K5基因启动子突变位点分析及其与绒毛性状的关系193.1材料与方法193.1.1研究对象193.1.2主要试剂193.1.3主要仪器设备193.1.4其他仪器及材料193.1.5引物的设计和PCR扩增203.1.6PCR-SSCP分析203.1.7照相分析与SSCP带型的判断223.1.8基因型的克隆和测序223.1.9数据统计分析243.1.10相关性统计分析模型253.2结果与分析25PCR产物25PCR-SSCP多态性26DNA测序结果273.2.4序列分析293.2.5绒山羊K5基因启动子遗传多态性分析293.2.6绒山羊K5基因启动子3个SNP位点与绒毛性状关联分析313.3讨论313.3.1关于实验方法313.3.2关于K5基因启动子的遗传效应分析333.4结论33致谢35参考文献36作者简介391.图1内蒙古白绒山羊12.图2人K5和K14基因染色体上的位置33.图3K5角蛋白结构34.图4角蛋白丝自组织机制45.图56对引物的PCR扩增产物126.图6AI正向和反向引物测序结果127.图7A4正向和反向引物测序结果138.图8内蒙古绒山羊K5启动子序列与牛和人相应序列的比对结果169.图93对引物PCR扩增结果2510.图10P1引物扩增产物PCR-SSCP分析结果2611.图11P2引物扩增产物PCR-SSCP分析结果2612.图12P3引物扩增产物PCR-SSCP分析结果2613.图13P2引物AA基因型个体测序峰图2714.图14P2引物BB基因型个体测序峰图2715.图15P2引物CC基因型个体测序峰图2716.图16P2引物杂合子个体测序峰图2817.图17P3引物AA基因型个体测序峰图2818.图18P3引物GG基因型个体测序峰图2819.图19P3引物杂合子基因型个体测序峰图2920.图20绒山羊K5启动子位点5种纯和基因型(AA、BB、CC、AA和GG)个体同源比对.2921.表1检测K5启动子区突变位点引物1022.表2内蒙古绒山羊K5基因启动子PCR－SSCP分析引物序列2023.表310%和8%中性凝胶丙烯酰胺凝胶的组成2124.表4目的片段连接体系2325.表5内蒙古绒山羊K5基因启动子突变位点的基因频率和基因型频率3026.表6内蒙古绒山羊K5基因启动子突变位点的遗传特性3027.表7内蒙古绒山羊K5启动子－2509(G/A)、－2576(C/A)和-2770(G/A)SNP基因型与绒毛关联性分析31IMWC(InnerMongoliaWhiteCashmereGoat)内蒙古白绒山羊K5(KRT5,Keratin5)角蛋白5IRS(innerrootsheath)内根鞘EBS(epidermolysisbullosasimplex)单纯型大疱性表皮松解症SSCP(SingleStrandConformationPolymorphism)单链构象多态性PAGE(polyacrylamidegelelectrophoresis)聚丙烯酰胺凝胶电泳EDTA(EthyleneDiamineTetraaceticAcid)乙二胺四乙酸APS(Ammoniumpersulfatesulphate)过硫酸氨IPTG(Isopropylbeta-D-thiogalactopyranoside)异丙基－β