水稻gaga element的预测与分析-prediction and analysis of gaga element in rice.docxVIP

I I 摘要 摘要 在植物和动物基因组中，转录因子通过识别特殊的序列，并通过与这些序列 结合起到调控基因表达的作用。“GAGA Factor”是一类能识别、结合(GA)n 二核 苷酸重复序列，继而改变染色质结构并起到调控下游基因表达的转录因子蛋白， 我们将这类特殊(GA)n 二核苷酸重复序列称为“GAGA Element”。目前，在植物基 因组研究中，仅有为数不多的有关 GAGA Factor 蛋白功能的报道。随着水稻全基 因组测序计划的完成，使得我们可以通过基因组扫查和比较基因组学分析，开展 植物 GAGA Element 的研究，揭示植物特殊功能基因进化的规律。全文主要结果如 下： 1 、 通 过 对 已 有 GAGA Element 分 布 特 征 的 分 析 研 究 ， 发现 “(A)GAGA(G)/(T)CTCT(C)”序列广泛出现在基因上游调控序列及基因内部序列， 并且呈一定规律性进行组合，这为预测 GAGA Element 提供了理论依据。在此基础 上，对全基因组水平的水稻 GAGA Element 进行了全面预测，结果表明水稻基因组 中 GAGA Element 比果蝇的更加纯净，这预示了高等植物更加依赖于染色质水平上 的基因调控机制来调节环境适应性。 2、通过 Gene Ontology 功能注释，在全基因组水平确定了表达水平受 GAGA Element 调控的潜在水稻功能基因。进一步的功能分析表明，这些潜在的 GAGA Element 调控基因在功能分类上具有一定的保守性。这种功能上的保守性提示我 们，此类 GAGA Element 调控基因在特定生物学过程中可能存在协同性作用。 3、通过比较水稻基因组中 GAGA Element 分布水平在水稻 12 条不同染色体上 的分布与相关基因 EST 表达水平的关联性关系分析，我们发现特定染色体区域的 EST 表达水平越高，GAGA Element 在该区域出现的概率越低，表现了显著的负相 关性。这种 GAGA Element 分布概率与特定基因表达水平间的负相关性进一步表明， GAGA Element 在水稻基因组中的染色体上的非随机分布直接与特定基因表达水平 的调控存在一种直接而密切的相关关系。 基于以上研究工作，本研究建立了本地化水稻基因组分析的生物信息学平台， 为进行高等植物特别是农作物的比较功能基因组学研究打下了基础。 关键词：GAGA Factor, GAGA Element, 染色质重构， 生物信息学， Gene Ontolgoy II II ABSTRACT ABSTRACT The transcription factors control gene expression patterns by binding specific sequence elements in regulatory regions of plant and animal genomes. The GAGA factor is a specific DNA binding factor, which plays a role for recognising the specific DNA sequence, called GAGA element. After GAGA factors bind to GAGA elements, this special binding event can remodel the chromatin structure and regulate the expression of genes. But few plant GAGA factors proteins have been investigated functionally. Recent completion of whole genome sequencing of rice (Oryza sativa) allows genome-wide analysis and comparison of the GAGA element in plants. We have identified the (A)GAGA(G)/(T)CTCT(C) repeat elements which frequently occurs in both upstream and coding region of predicted genes along the rice genomes,. The selectively investigated context genes containing GAGA elements were regulated by DNA modeling.