湖羊SPLUNC1基因序列生物信息学分析.docVIP

湖羊SPLUNC1基因序列生物信息学分析 　　摘要：以湖羊SPLUNC1基因为研究对象，利用生物信息学方法对其编码的蛋白进行理化性质、信号肽、跨膜区域、亚细胞定位、二级结构、三级结构、保守区域分析，并构建系统发育树。结果表明，湖羊SPLUNC1蛋白的分子量为26.53 ku，理论等电点为5.07。SPLUNC1蛋白N端存在信号肽，亚细胞定位在细胞外。SPLUNC1蛋白质的二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲。该蛋白由4 股反平行的肽段形成的β折叠片和2个α螺旋组成的桶形结构域组成。系统发育树分析表明，湖羊的SPLUNC1蛋白在山羊、牛、猪、人、小鼠中，与山羊首先聚为一类，后与牛聚为一类，这与动物学分类结果一致。 　　关键词：湖羊；短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1（SPLUNC1）；生物信息学分析 　　中图分类号： Q781文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2016）02-0048-03 　　收稿日期：2015-01-27 　　基金项目：国家自然科学基金（编号 　　作者简介：陈凯丽（1988―），女，河南南阳人，硕士，主要从事动物学研究。E-mail：kellyhenan@163.com。 　　通信作者：孙延鸣，博士，教授，主要从事临床兽医学研究。E-mail：sym@。 　　短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1（short palate，lung and nasal epithelium clone 1，[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]）因其特异表达于上腭、肺及鼻咽上皮而被命名。Weston等首次克隆了小鼠的[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因[1]。SPLUNC1具有分泌物的生化特性[2]，分布于细胞胞浆中[3]。人、小鼠、牛、猪[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]分别定位于20号染色体、2号染色体、13号染色体、17号染色体。研究表明哺乳类动物物种拥有共同的[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]表达模式，即在口咽部、上呼吸道、唾液腺和气管表达，且在革兰阴性细菌引起的呼吸道感染中能起到抗菌及抗炎双重作用[4]。Liu等证明了SPLUNC1是吸道病原菌感染肺部黏膜固有免疫防御相关决定性成分[5]。Chu等证实SPLUNC1是一种新的宿主防御肺炎支原体蛋白，体内过表达的SPLUNC1能显著地抑制肺部肺炎支原体的载荷量[6]。此外，SPLUNC1在维持上呼吸道稳态方面也起了重要的作用[7]。目前，有关人和小鼠的[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因功能已有相关报道，但未见有关羊的[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]相关功能及其生物信息学分析的报道。在此前的研究中，笔者采用RACE技术，从湖羊的肺组织中克隆得到[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ] cDNA序列，并在GenBank上登录（登录号：KJ749828.1）。本研究利用生物信息学方法对湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因序列进行分析，为进一步研究湖羊SPLUNC1蛋白的生物学功能奠定基础。 　　1材料与方法 　　1.1生物信息学数据库和软件 　　NCBI（美国生物技术研究中心）：http：///blastEXPASY：http：//www.us.expasy.ch（蛋白质数据库）；MEGA 5.05软件；RasMol软件。 　　1.2湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因cDNA全长的获得 　　从湖羊肺组织中提取RNA，利用RACE技术分别扩增出[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]的3′末端和5′末端序列并送基因公司测序，用DNAMAN软件将测序结果进行拼接，获得湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ] cDNA 的全长序列。湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ] cDNA的全长序列的具体克隆步骤参照文献[8]。 　　1.3生物信息分析方法 　　利用在线分析工具ProtParam（http：///protparam/）对湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因编码的蛋白质进行氨基酸理化分析。利用在线分析工具NetNGlyc 1.0 Server（http：//www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/）对湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因编码的蛋白质进行糖基化位点分析。利用在线分析工具WoLF PSO