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不同哺乳动物密码子偏性及聚类剖析 　　摘要：为更好地认识哺乳动物GDF9基因在长期进化过程中为适应环境形成的密码子使用模式，通过CodonW软件计算不同哺乳动物GDF9基因的密码子偏性指标，利用SPSS软件对密码子偏好性影响因素的相关性进行分析，结合密码子偏性和最小进化法分析其亲缘关系。GCT、TGT、TTT、ATT、CCT、AGA、ACT为哺乳动物GDF9基因的最优密码子，该基因偏爱使用以A或T结尾的密码子；G、C含量和蛋白质亲水性是影响GDF9基因密码子偏性的主要因素；聚类分析提示不同哺乳动物间的同源性越高，GDF9基因密码子使用特征的相似性越高。 　　关键词：哺乳动物；GDF9；碱基替换；密码子偏性；聚类分析 　　中图分类号： Q755文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2017）15-0041-05 　　在雌性哺乳动物整个生殖周期过程中，卵母细胞只能来源于原始卵泡库[1]。有研究表明，原始卵泡形成过程受激素、转录因子和相关通路的介导[2]。生长分化因子9（growth differentiation factor 9，GDF9）作为转化生长因子β超家族成员之一，在卵泡的发育过程中有关键的调节作用[3]。密码子是DNA或RNA的碱基序列与其编码蛋白序列之间的对应关系[4]。编码相同氨基酸的密码子为同义密码子，在蛋白合成过程中，同义密码子的使用频率存在差异，且物种和基因对某一种或几种密码子的使用具有偏好性[5]。对基因密码子偏好参数进行分析，能更好地理解和研究基因水平转移和基因家族分化的发生[6]。因此对密码子偏好性的研究可在分子的角度为GDF9基因序列特征、分类和遗传进化规律提供重要信息。前人相关研究表明，GDF9基因具有刺激颗粒细胞减数分裂、抑制素的生成作用[7]，并影响卵泡发育和生殖功能[8]。Wang等发现通过siRNA敲除GDF9后能抑制仓鼠原始卵泡的形成，但添加GDF9纯品培养卵巢会加速原始卵泡的形成[9]。在人、啮齿类、牛、绵羊和有袋类动物卵巢卵母细胞中，GDF9基因特异性表达，但该基因在山羊卵母细胞和黄体中可同时表达[10-11]。GDF9基因还能通过多个信号通路促进颗粒细胞增殖过程[12]。马会明等通过RNA干扰使该基因表达沉默，也能抑制颗粒细胞增殖过程[13]。这些研究通过探讨不同哺乳动物已被克隆的GDF9基因，并在卵巢卵母细胞中进行了相关表达分析，但未开展密码子使用偏性的研究，这不利于其异源表达和遗传转化等后续试验的进行。GDF9基因密码子使用偏好性的研究能为该基因的分类和进化提供重要信息。本研究利用CodonW软件分析不同哺乳?游?GDF9基因对密码子的使用情况，基于GDF9基因最小进化法和同义密码子相对使用度的欧式平方距离系数建立聚类关系，为GDF9基因功能的深入研究提供参考依据。 　　1材料与方法 　　1.1目的基因的来源 　　本研究所用基因资料都来源于Nucleotide（https：///nuccore/）数据库，12种物种包括灵长目苏门答腊猩猩、普通狨猴和人，食肉目家猫和家犬，偶蹄目家牛、牦牛、绵羊、山羊和野猪，啮齿目小家鼠和褐家鼠。各哺乳动物GDF9都是完整的cDNA序列（表1）。利用MEGA 6.0对上述核苷酸序列进行碱基分析。 　　1.2目的基因的筛选 　　对候选的哺乳动物GDF9基因cDNA序列进行如下规则的筛选：（1）cDNA序列为完整编码蛋白序列；（2）该cDNA序列长度300 bp；（3）蛋白翻译部位位于细胞质；（4）质粒、转座子及病毒上的基因不予考虑；（5）多拷贝基因不重复计算。 　　1.3相关密码子偏性分析指标 　　通过CodonW软件来分析GDF9基因密码子使用偏性，分析数值包括有效密码子数（effective number of codons，ENc）、密码子偏爱指数（condon bias index，CBI）、同义密码子相对使用度（relative synonymous codon usage，RSCU）；同时通过该软件来分析GDF9基因密码子偏性的影响因素，即GC含量（GC）、密码子第3位的GC含量（GC3s）、芳香族氨基酸比例（aromatic amino acid ratio）、蛋白质亲水性（protein hydrophilicity）的相关性。 　　1.4碱基替代饱和度检验 　　利用BioEdit软件对不同哺乳动物GDF9基因的cDNA序列进行比对，将比对结果保存为fasta格式，通过DAMBE软件对比对结果的碱基替代饱和度进行检验，若转换数和颠换数没有达到饱和，可进行下一步的系统发育分析，反之亦然。 　　1.5系统发育树的构建 　　通过CodonW软件计算出不同哺乳动物GDF9基因的RSCU值，利用SP