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山羊miR―27a靶基因预测及生物信息学剖析 　　doi：10.15889/j.issn.1002-1302.2016.10.016 　　摘要：繁殖力是决定羊养殖产业效益最重要的因素，卵泡的生长发育决定了排卵数，进而直接影响母羊的繁殖力。miRNA是由内源性基因编码的单链非编码RNA，参与靶基因的转录后调控。本研究通过对山羊miR-27a的靶基因进行预测及功能分析，为进一步研究其在山羊繁殖功能中的作用提供新途径。利用靶基因预测软件分析miR-27a的靶基因，将靶基因进行GO富集分析及KEGG信号通路分析。结果表明，预测靶基因集合分别富集在细胞增殖、转录调控、调控RNA代谢、正调控信号传导等分子功能上以及ErbB、MAPK、mTOR等信号通路中。 　　关键词：山羊；miR-27a；靶基因；信号通路；GO分析 　　中图分类号： S827.2文献标志码： A文章编号：1002-1302（2016）10-0073-03 　　收稿日期：2016-04-08 　　基金项目：国家自然科学基金（编号；湖北省农业科学院青年科学基金（编号：2015NKYJJ14）；湖北省农业科学院竞争性计划（编号：2016jzxjh030）。 　　作者简介：陶虎（1986―），男，安徽合肥人，博士，助理研究员，主要从事草食家畜分子育种研究。Tel：（027E-mail：taohu1986@。 　　通信作者：陈明新，研究员，主要从事草食家畜育种研究。E-mail：316824556@。我国是养羊大国，羊养殖产业在畜牧业中占有重要地位。繁殖和生长是决定规模化养殖产出的两大主要经济性状。在山羊中，母羊繁殖效益在总效益中占据较大比例，因此繁殖力是决定羊养殖产业效益最重要的因素之一。排卵率是产仔数性状的重要组分性状，卵巢中卵泡的生长发育决定了排卵数[1]。探索卵巢中的基因表达情况、发育规律、调控因素，对于揭示排卵率的遗传调控机制具有重要意义。 　　microRNA（miRNA）是由内源性基因编码的单链非编码RNA，长度一般为21～25个核苷酸（nucleotide，nt），通过与靶基因mRNA的3′-UTR互补配对来调控其转录后表达水平[2]。已有研究表明，miR-21、miR-212、miR-132在小鼠颗粒细胞中呈显著的上调表达，且当miR-21表达量降低时会导致颗粒细胞凋亡[3]。在小鼠颗粒细胞中筛选出多个受TGF-β1信号调控的miRNA，其中miR-224可靶向作用于Smad4基因来调控颗粒细胞的增殖[4]。前体miRNA发夹结构经Dicer加工形成成熟的miRNA[5]。Dicer1-/-雌鼠的卵母细胞中纺锤体发生异常，导致其不能完成第1次减数分裂[6-7]。对于颗粒细胞而言，miRNA是一类发挥重要调控作用的小分子调控物。miR-27a是miR-27家族的重要成员，该家族是 miRNA 中功能较为明显的家族之一。众多研究表明，miR-27a在疾病尤其在肿瘤中发挥重要作用，而在生殖领域鲜见报道。研究miR-27a及其靶基因转录调控，对进一步揭示miRNA对山羊母性繁殖的调控作用具有重要意义。 　　1材料与方法 　　1.1获取miRNA 　　从miRNA信息公共数据库miRBase（http：///）中获取不同物种的miR-27a前体序列和成熟序列。 　　1.2同源性比对 　　利用miR-27a的前体序列，比较前体序列在不同物种间的保守程度。利用Clustal X软件进行序列比对，运用Clustal Omega（http：//www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/）软件制作不同物种间miR-27a前体序列的进化树。 　　1.3靶基因预测 　　分别利用miRanda（http：///microrna/home.do）、miRDB（http：///miRDB/index.html）、TargetScan（http：///）等靶位点分析软件分析miR-27a的靶基因和靶位点的保守性。将结果的交集作为进一步研究的基因集合，筛选3个软件均能预测到且在4种物种中均保守的靶基因作为候选靶基因。通过分析靶基因的功能进一步分析miR-27a的生物学功能。 　　1.4靶基因的分析 　　利用Gene Ontology（http：///）、DAVID（https：///home.jsp）数据库对预测得到的miR-27a靶基因进行功能富集分析，利用KEGG（http：//www.kegg.jp/）数据库进行信号通路分析，预测结果在GO类别上的高频率注释以及有统计学意义的信号调控通路。 　　2结果与分析 　　2.1miR-27a序列的获得和同源性比对 　　利用miRBase数据库