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马铃薯全基因组LTR反转录转座子剖析 　　摘要：采用LTR-FINDER软件对马铃薯（Solanum tuberosum）全基因组中的LTR反转录转座子进行分析，共发现4 725个全长LTR反转录转座子，平均长度约7 393 bp，其中反转录转座子的LTR平均长度为786 bp，全长LTR反转录转座子总碱基数约占马铃薯全基因组碱基数的4.95%。系统发育分析结果显示马铃薯LTR反转录转座子具有较高的遗传多样性和异质性。 　　关键词：LTR反转录转座子；马铃薯（Solanum tuberosum）；基因组；系统发育树 　　中图分类号：S532 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2013）17-4235-03 　　Analysis on LTR Retrotransposons in Potato Genome 　　LI Zhi-fei1，LI Wei-tao2，YA Hui-yuan1 　　（1. Life Science Department， Luoyang Normal University， Luoyang 471022，Henan，China； 　　2.Henan Key Lab of Ion Beam Bioengineering， Zhengzhou University， Zhengzhou 450052，China） 　　Abstract： LTR retrotransposons in potato（Solanum tuberosum） genome were analyzed by LTR-FINDER software. Results showed that there were 4 725 full-length LTR retrotransposons with average length of 7 393 bp， accounting for about 4.95% of potato genome bases. The length of LTR in LTR retrotransposons was 786 bp. Phylogenetic tree showed that LTR retrotransposons of potato had high genetic diversity and high heterogeneity. 　　Key words： LTR retrotransposons； potato（Solanum tuberosum）； genome； phylogenetic tree 　　收稿日期：2012-11-09 　　基金项目：国家自然科学基金项目 　　作者简介：李智菲（1989-），女，河南商丘人，（电话电子信箱）zhifeili@；通讯作者，押辉远（1977-），男，河南禹州人， 　　副教授，博士，主要从事分子遗传学与生物物理学研究，（电子信箱）yahuiyuan@。 　　马铃薯（Solanum tuberosum）为茄科茄属一年生草本植物，是世界第四大粮食作物，它营养全面、适应性广、用途多、产业链长，是全球重要的粮食作物，也是农业生产中加工产品最丰富的原料作物[1]。遗传多样性是生物多样性研究的核心问题之一，在一定程度上决定了物种的分布以及数量多样性[2]。对马铃薯的遗传多样性进行研究有助于认识马铃薯的进化过程或适应机理，以及马铃薯种群的地理分布格局、数量增长、优良品种选育、资源鉴别和利用以及病害检测和防治等方面的问题。目前分子标记技术作为研究植物遗传多样性、作物品种纯度鉴定、种质资源分类、遗传图谱构建等方面的重要方法已经得到广泛应用[3-5]。 　　植物基因组中反转录转座子的大小随植物种类的不同和反转录转座子类群的差异而变化很大，具有高拷贝数、高异质性和广泛存在于植物基因组中等特点[6]。大量证据表明反转录转座子是植物基因组进化和物种多样性形成的主要来源，因此成为研究基因克隆、基因表达及其功能、生物多样性以及生物进化机制研究的重要工具[7]。IRAP（Inter- retrotransposon amplified polymorphism，逆转录转座子插入位点间扩增多态性）和REMAP（Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism，逆转录转座子微卫星扩增多态性）[8]均是基于反转录转座子的分子标记方法，已在茄科作物的遗传多样性研究领域得到应用，其中REMAP是根据反转录转座子两端的LTR保守序列和微卫星序列设计引物，检测反转录转座子与简单重复序列之间的多态性，IRAP是一种检测反转录转座子插入位点间多态