基于现代分子生物学技术的土壤微生物多样性研究.pptxVIP

基于现代分子生物学技术的土壤微生物多样性研究指导老师：刘文杰教授 报告人：吴婷婷 时间：2018.4.183124方法介绍研究背景研究展望存在问题目录CONTENTS研究背景1 11882—1885年，克斯特切夫（现代土嚷微生物学奠基人之一），详细研究了土壤中的菌类植物，指出微生物不仅作用于有机质的分解过程，还参与了腐殖质的形成过程。21887年，维诺格拉德斯基发现硫细菌，铁细菌、硝化细菌及其化能营养特性，并首次创立了选择性无机盐培养基。1982年，美国微生物学家对土壤中有机质分解的微生物学原理进行研究，并出版《土壤微生物学原理》对后续有关土壤微生物学研究具有重大的指导意义3研究背景1 41935年（研究起步较晚），我国学者张宪武开始对根瘤菌进行研究，在抗日战争期间，也只有两三个单位各自做了一些分离菌种和接菌的实验。 520世纪40年代到新中国成立，从事土壤微生物研究和教学活动的集中代表和奠基人有张宪武、樊庆笙、陈华葵等，他们的研究主要集中在根瘤菌和抗生素方面。1949年以后，我国主要工作集中在以下几个方面：土壤微生物生态学研究；根迹微生物研究；土壤微生物种间关系研究；微生物肥料研究。61研究背景 71991年“国际生物多样性合作研究计划”（DIVERSITAS）开创了土壤微生物多样性研究的先河 81995年“DIVERSITAS”计划首次明确了土壤微生物多样性研究的内容，并提上国际研究的日程92002年土壤微生物多样性研究内容（SBI），由联合国粮农组织批准设立，此后世界各国纷纷开展土壤微生物多样性的研究方法介绍2克隆文库法变性/温度梯度凝胶电泳现代分子生物学技术基于PCR的分析方法单链构象多态性分析末端限制性片段多态性分析荧光原位杂交技术基于杂交的 的分析方法肽核酸探针杂交技术限制性片段长度多态性分析2方法介绍方法：16srRNA基因扩增测序；鸟枪宏基因组测序对象：6个大州18个国家的237个地区的表层土壤进行土壤细菌群落的全球分析（土壤包括广泛的植被类型、土壤特征和生物气候区。(干旱、温带、热带、大陆和极地)）目的：确定最主要的(即:世界范围内最丰富、最普遍的土壤细菌种类；绘制全球主要土壤细菌群落的丰度分布图，并评 估不同的种类和不同的环境偏好的基因组特征结果：只有2％的细菌phylotypes（511 out of 25,224 phylotypes)）占优势。然而，在所有样本中，这一小部分的系统类型平均占了16S r RNA基因序列的41%Delgado-Baquerizo et al.,A global atlas of the dominant bacteria found in soil.Science.359, 320-325 (2018) 方法介绍2lllumina测序流程及原理 盛华芳. 基于BIPES分析微生物群落的生物信息学方法的建立[D].南方医科大学,2012.方法介绍2lllumina测序原理lllumina测序的缺点:所测序列长度短，不能满足长序列的测序要求,lllumina平台所获得的列数量成数十倍增长，原有的生物信息学分析工具均不能运用，如何解决其中的运算瓶颈也是制约分析微生物群落的关键之处。Mardis.ER(2008).Next-Generation DNA Sequencing Methods.Annual Review of Genomics and Human Genetics方法介绍2方法：16srRNA基因扩增测序 鸟枪宏基因组测序 x:细菌群落的分类丰度 Y:功能基因丰度结果:细菌类群的功能多样性，与其门类和分类多样性成正相关。Noah Fierer et al.(2012)Cross-biome metagenomic analyses of soil microbial communities and their functional attributes.at Rev Microbiol 9(2):21390-21395.方法介绍2方法：宏基因组测序法目的：对比分析沙漠和非沙漠土壤中主要功能基因类别的相对丰度结果：通过宏基因组测序和多次分析比较，在28个主要基因类别中有13个在沙漠和非沙漠土壤中有显著差异。 与非沙漠土壤相比，沙漠土壤中更丰富的许多基因种类与核心代谢功能有关。 Noah Fierer et al.(2012)2方法介绍T-RFLP的分析操作步骤：Ursel M. E.et al.Advances in the use of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis of 16S r RNA genes to characterize microbial co