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基因调控网络的线性回归模型及其鲁棒性分析-计算机应用技术专业论文
西安电子科技大学 独创性(或创新性)声明
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本学位论文属于保密在 年解密后适用本授权书。 本人签名: 日期
导师签名: 日期
摘要 I
摘要
基因调控网络(Gene Regulatory Networks,GRN)是表示基因之间复杂的调控关 系的网络,基因间相互的调控关系影响着生物体的各种生理活动和动作。基因调 控网络的研究从基因间的相互作用出发,揭示了生物体复杂生命现象的本质,是 基因功能组学的重要内容。对基因调控网络的研究具有重要的理论和实际应用意 义,已经成为当前生物信息学研究的热点问题之一。
本文主要研究基于线性模型的基因调控网络的构建。首先对线性模型构建基 因调控网络的可行性进行了研究,为了查看基因表达数据之间是否具有线性关系, 本文采用 PCA 方法对 RAF 数据集进行了一个深入的研究。其次,采用基于 LARS 算法获得 Lasso 解的方法构建线性的基因调控网络。最后,对于线性模型构建基因 调控网络的方法进行了鲁棒性分析,分别从噪声、数据缺失和样本减少三个方面 对其进行了深入的探讨。
关键词:基因调控网络 线性模型 Lasso LARS 鲁棒性
IIIAb
III
Abstract
Abstract
Gene Regulatory Networks (GRN for short) are the networks which show the complex regulatory relationships between multiple genes, the relations of mutual regulations between genes affect various physiological activities and actions. The study of the GRN starting from the interaction between genes, revealing the essence of the phenomenon of complex life organisms, is an important part of studying of gene function in genomics. The study of the GRN has important theoretical and practical significance in applications, has become a hot topic of research in bioinformatics.
This paper studies the construction of the GRN based on the linear model. Firstly, feasibility of evaluating the GRN with the linear model is studied, we use the RAF data set to analysis the gene expression data to demonstrate whether the linear relationships exist, the method PCA is used in order to have an in-depth research. Secondly, the linear GRN with the LARS algorithm for getting the Lasso path is built. Finally, the robustness to construct the GRN with a linear model is c
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