蚕类基因组与线料体组高精度遗传变异图谱的构建及其研究生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

。issertati。n 。issertati。n for。。ct。ral。egre毒㈣长d3／3／／Illl／。／fl／I／9Ill／／／ S outhwe st University Constructing High--resolution Genetic Variation Maps and Related Studies on Silkworm Nuclear Genomes and Silkworm Mitochondrial Genomes Major： B iochemistry and Molecular B iology Field： Genomics and B ioinformatics S upervisor：Prof．Xia Qingyou Candidate：Li Dong Chongqing，China April，20 1 1 独创性声明学位论文题目：蚕差基固组生线擅笠组直揎廑遗佳变显图鲎的趁建区 独创性声明 学位论文题目：蚕差基固组生线擅笠组直揎廑遗佳变显图鲎的趁建区 墓研究 本人提交的学位论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。论文中引用他人已经发表或出版过的研究成果，文中已加 了特别标注。对本研究及学位论文撰写曾做出贡献的老师、朋友、同 仁在文中作了明确说明并表示衷心感谢。 学位论文作者：呀I- 签字日期：7棚，年多月户日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解西南大学有关保留、使用学位论文的规 定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允 许论文被查阅和借阅。本人授权西南大学研究生院(筹)可以将学位 论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩 印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。 ／ 八 ／ (保密的学位论文在解密后适用本授权书，本论文：臼环保密， 口保密期限至 年 月止) 学位论文作者签名：嗜孑＼ 导师签名：—弓钐白毒夤i 签字日期：≯(／年∥月沙日 签字日期： 沙『r／，年／月y日 ．-．．!f1．Il’． ．-．．!f1．Il’． ．f··～’ 目录目录 目录 目录 ji§要 ．．I ABSTRACT ．V 第一章文献综述 l 1．1概j苤 l 1．2基因组多态性 1 1．2．1基因组多态性的检测方法 ．2 1．2．2家蚕的多态性研究 3 1．3遗传变异图谱 5 1．3．1模式动物的遗传变异图谱 5 1．3．2模式植物的遗传变异图谱 8 1．4蚕类的比较基冈组学研究 。10 1．5蚕线粒体基因组的研究 ．11 1．5．1蚕线粒体基因组简介 。11 1．5．2线粒体基因组分析和研究进展 。12 第二章引言 15 2．1研究背景 ．15 2．2研究目的和重要意义 ．15 2．2．1蚕类遗传变异图谱在生物反应器研究中的的重要意义 。15 2．2．2蚕类遗传变异图谱对农林业害虫防治的指导意义 。15 2．3主要研究内容 。16 2．4研究路线 ．．1 6 第二章蚕类基因组高精度遗传变异图谱的构建 。19 3．1材料和方法 ．19 3．1．1全基冈组重测序数据来源 。19 3．1．2公共数据的利用 。20 3．1．2序列比对和一致性序列生成 ．．21 3．1．2基因组多态性的检测 21 3．1．2连锁不平衡的计算 ．．22 3．2结果与分析 ．．22 3．2．1蚕类的高精度遗传图谱构建 ．．22 3．2．2连锁不平衡模式 一26 西南大学博士学伊论文3．3结论与讨论 西南大学博士学伊论文 3．3结论与讨论 ．27 3．3．1基因组多态性的检测 27 3．3．2蚕类遗传变异图谱的应用 28 3．3．3蚕的连锁不平衡模式 29 第四章蚕类群体结构分析 3 1 4．1材料与方法 ．3 l 4．1．1数据的使用 3l 4．1．2蚕系统发育树 3 1 4．1．3主成分分析 3 1 4．1．4推断群体结构 32 4．1．5群体历史模型 32 4．2结果与分析 ．32 4．2．1蚕系统发育树 32 4．2．2主成分分析 ．34 4．2．3群体结构推断 36 4．2．4群体历史推断 38 4．3结论与讨论 ．38 第五章家蚕中选择信号的鉴定及分析 。 4l 5．1材料和方法 ．41 5．1．1数据来源 41 5．1．2鉴定人工选择痕迹 4l 5．1．3 GROSS中基因的芯片分析 41 5．2结果与分析 ．4 l 5．2．1候选区域的鉴定 4l 5．2．2候选基因的表达谱分析 46 5．2．3候选基冈的功能分析 47 5．3结论与讨论 。49 第人章蚕线粒体基冈组的特性研究 5l 6．1材料与方法 ．．51 6．1．1数据来源和数据比对 51 6．1．2线