节旋藻分类学地位及生产性状的分子标记研究-生物物理学专业论文.docxVIP

摘要一、基于16S 摘要 一、基于16S rRNA的节旋藻与螺旋藻分类学地位研究 测定了本实验室保存的10株节旋藻品系Sp-4、Sp-6、sp-7、sp-8、Sp-12、 Sp-14、Sp．15、Sp-16、Sp一17和Sp-18的16S rRNA基因序列，进而与GenBank 上有关品种(系)的16S rRNA基因序列作同源性分析，并构建了颤藻目下属间 的系统发生树。结果表明：(1)节旋藻和螺旋藻之间的亲缘关系相距较远，支持 了《伯杰氏系统细菌学手册》重新分立节旋藻属和螺旋藻属的观点。(2)节旋藻 稳定族群与由颤藻和浮游蓝丝藻构成的族群亲缘关系相近，节旋藻品种(系)间 16S rRNA基因序列的相似性高于99％，表明该属的界限、定义明确。(3)7株 螺旋藻在系统树上的分布较离散并分成两个分支。第一个分支由AB2002／06与 FACHB351组成，它们16S rRNA基因序列的相似性为98．1％，并与盐螺旋藻 CCCBaja-95C1．3和MPI s3构成一个族群；其余5株螺旋藻组成另一分支，品种 (系)间16S rRNA基因序列相似性大于96％。这两个分支品系闻16S rRNA基 因序列的相似性仅为92％，与颤藻目下大多数属间的相似性程度在同一水平。 (4)sp-12虽处于节旋藻稳定族群内，但单独处于该族群的最外围，明显有别 于其它节旋藻品系。这主要是由于该品系16S rRNA基因序列中，只有后1192 bp 与其它节旋藻的高度同源，但前320 t,p与其它节旋藻品系的相似性只有约66％， 而与弯杼菌属Flectobacillus rubber和Bellia baltica BAl的相似性却高达90％和 89％。推测Sp-12的16S rRNA基因序列可能来源于弯杆菌属品系与节旋藻属品 系间的基因水平转移。 二、钝顶节旋藻品系问的亲缘关系研究 测定了16株钝项节旋藻品系16S rRNA、16S．23S ITS、23S rRNA和epeHID 操纵子序列，并基于这些序列分别用超级树和超级矩阵法构建了系统树，探讨钝 顶节旋藻品系间的亲缘关系。(1)在用超级树法构建系统树时，先以16S rRNA 基因将16株节旋藻品系分成了3簇，自展值(Bootstrap)高达100％；再用16S-23S rRNAITS区分第1I簇中的Sp-14；尔后用epcHID操纵子序列分别构建出第H、 In簇的亲缘关系树：最后将上述3步构建的子树合成超级树。(2)在用超级矩 阵法构建系统树时，先将16S 阵法构建系统树时，先将16S rRNA、16S-23S ITS、23S rRNA和cpcHID操纵子 4个基因串成一个4084 bp的串联序列，再分析品系间该序列的相似性与遗传距 离，进而构建出亲缘关系树。(3)用两种方法构建的系统树基本一致，整个系统 树分成界定明确的3大簇：第1簇由Sp-1l单独形成，第Ⅱ簇由Sp-1、Sp-2、Sp-6、 Sp-9、SpqO、810-14和Spq8组成，第1II簇由Sp-3、Sp-4、Sp-5、sp-7、Sp一8、 Sp-15、sp-16和Sp-17组成。两棵系统树的主要差异在于第1I簇，超级矩阵法将 该簇分成由Sp-6、Sp-14和Sp-18组成的一个分支和spq、sp-2、Sp-9和Sp-10 组成的另一分支；而利用超级树法，第n簇的所有品系组成同一支系。 三、节旋藻生产性状优劣评价的若干分子标记 在多年研究与生产实践的基础上，建立了4种能简单、快速、有效初步评价 节旋藻生产性状的分子标记技术。分别如下： (1)以节旋藻生产性状差的第1 类品系与生产性状好的第n类品系，在16S-23S rRNA ITS中碱基位点有显著共 性差异、分别位于1～50 bp和281～400 bp的序列(称为ITS．Markerl和 ITS．Marker2)，作为生产性状优劣评价的分子标记。(2)以节旋藻生产性状差 的第1类品系与生产性状好的第1I类品系，CpcI第1～80位氨基酸序列中第7、 20、30、56和72位的共性差异，作为生产性状优劣评价的分子标记。(3)以 随机引物$35和$99分别对生产性状差的第1类和生产性状好的第Ⅱ类节旋藻品 系作RAPD扩增显示出的特征性差异条带为标记，评价节旋藻品系生产性状的 优劣。即$35和$99的扩增条带分别为900 bp和650 bp者，属第1类品系；扩 增条带分别为680bp和900bp者，属第1I类品系。(4)生产性状差的第1类节 旋藻品系的总DNA中只含1条exDNA，而生产性状好的第1I类品系有2条 exDNA，可以此作为分子标记评价节旋藻生产性状的优劣。 关键词：节旋藻，分类学，生产性状，分子标记，超级树，超级矩阵，染色体外 DNA(exDNA) Abstract1．Stud