运用 SNP-CAPS 分子标记定位香菇重要功能基因的研究.pdfVIP

上海农业学报　２０１５，３１（２）：１３１７ ＡｃｔａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｅ Ｓｈａｎｇｈａｉ ＤＯＩ：１０．１５９５５?ｊ．ｉｓｓｎ１０００３９２４．２０１５．０２．０３ 文章编号：１０００３９２４（２０１５）０２０１３０５ 运用ＳＮＰＣＡＰＳ分子标记定位香菇重要功能基因的研究 １，２ １ １  黄　杰 ，谭　琦 ，鲍大鹏 （国家食用菌工程技术研究中心，农业部南方食用菌资源利用重点开放实验室，上海市农业遗传育种重点实验室，１ 上海市农业科学院食用菌研究所，上海２０１４０３；上海海洋大学食品学院，上海２０１３０６）２ 摘　要：根据香菇单核菌丝体１３５Ａ和１３５Ｂ 的全基因组测序，通过生物信息学方法分析筛选出香菇功能基 因ＣＡＰ、ＧＬＡ１、ＴＬＧ１ 结构域中的非同义ＳＮＰ位点，开发出３对ＳＮＰＣＡＰＳ分子标记。结果表明：这３对功能基因 ＳＮＰＣＡＰＳ分子标记可将２３个香菇单核体供试菌株分成１３５Ａ型（分别为１６ 株、２０ 株、２ 株）和１３５Ｂ型（分别为 ７ 株、３株、２１ 株），这些标记表现出的多态性为进一步研究香菇菌株的来源和功能基因的定位提供参考价值；并 建立起可以简单、快速、准确地调查重要功能基因的ＳＮＰ位点变异情况的方法。 关键词：香菇；功能基因；非同义ＳＮＰ；ＳＮＰＣＡＰＳ标记 Ｌｏｃａｔｉｏｎ ｏｆｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｓ ｏｆＬｅｎｔｉｎｕｌａ ｅｄｏｄｅｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ＳＮＰＣＡＰＳ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ １，２ １ １  ＨＵＡＮＧＪｉｅ ，ＴＡＮ Ｑｉ ，ＢＡＯ Ｄａｐｅｎｇ （Ｎａｔｉｏｎａｌ ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇＲｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ ｏｆＥｄｉｂｌｅ Ｆｕｎｇｉ；ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆＡｐｐｌｉｅｄＭｙｃｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ１ Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ（Ｓｏｕｔｈ），Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ；Ｓｈａｎｇｈａｉ ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄＢｒｅｅｄｉｎｇ； Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆＥｄｉｂｌｅ Ｆｕｎｇｉ，ＳｈａｎｇｈａｉＡｃａｄｅｍｙ ｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２０１４０３，Ｃｈｉｎａ；Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ２ Ｆｏｏｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｏｃｅａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２０１３０６，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎ ｓｔｒａｉｎ ｏｆ Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ ｅｄｏｄｅｓ １３５Ａ ａｎｄ １３５Ｂ，ｔｈｅ ｎｏｎｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ＳＮＰ ｌｏｃｉ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ ｄｏｍａｉｎ ｏｆｔｈｅ ＣＡＰ，ＧＬＡ１，ＴＬＧ１ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｆｏｕｎｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｗａｙ，ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｉｎｔｏ ｔｈｒｅｅ ｐａｉｒｓ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓ ａｓ ＳＮＰＣＡＰＳ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅｓｅ ＳＮＰＣＡＰＳ ｍａｒｋｅｒｓ ｃｏｕｌｄ ｄｉｖｉｄｅ ２３ ｔｅｓｔｅｄ ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎｓ ｓｔｒａｉｎｓ ｏｆＬ．ｅｄｏｄｅｓ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｇｒｏｕｐｓ： １３５Ａ ｔｙｐｅ（ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ １６，２０ ａｎｄ２ ｓｔｒａｉｎｓ）ａｎｄ １３５Ｂ ｔｙｐｅ（ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ７，３ ａｎｄ ２１ ｓｔｒａｉｎｓ）ｗｈｉｃｈ ｅｓｔａｂ ｌｉｓｈｅｄ ｔｈｅ ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔｔｈｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆｋｎｏｗｎ ＳＮＰｌｏｃｉ ｉｎｔｈｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆＬ．ｅ