急性B淋巴细胞白血病差异miRNA综合调控网络的生物信息学分析-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

硕士学位论文首先我们从NCBI(National 硕士学位论文 首先我们从NCBI(National Center for Biotechnology Information)的公共数 据库GEO中，下载了急性B淋巴细胞白血病的miRNA芯片数据GSE51908。以这 GSE51908数据集为分析材料，利用Qlucore Omics Explorer 3．0软件对GSE51908 数据集进行差异表达miRNA的分析。接着对这些差异miRNAs进行了差异 miRNAs与靶基因、长链非编码RNA和转录因子的调控关系的生物信息学分析。 对差异miRNA进行靶基因分析，我们采用的是含有多个的预测软件并且整合紫 外交联免疫共沉淀测序(corsslinking and immun叩recipitation sequencing， CLIP．Seq)及mRNA降解组测序(degradome sequencing，Degradome—Seq)数据 来支持的miRNA靶标的数据库StarBase茅N专门收录实验证明且整合其他类似数 据库的验证数据库MiRNATarBas的组合分析，对这些差异miRNAs靶基因进行准 确全面的分析，总共获得了631个miRNAs幂N靶基因的调控对。接着差异rniRNA 与长链非编码RNA(10ng non．coding RNA，lncRNA)调控关系的分析，是利用 整合108组CLIP—Seq的高通量测序实验数据能系统集中的鉴定miRNA与Target相 互作用关系的StarBase v2．0软件，得到了161个差异miRNAs与长链非编码RNA的 调控关系数据。然后我们采用了整理染色质免疫共沉淀与二代测序(chromatin immunoprecipition with next—generation DNA sequencing，ChIP-seq)的高通量测 序数据检测出数以万计的转录因子结合位点(transcripition factor binding sites， TFBS)从而鉴定出转录因子(transcripition factor，TF)与miRNA调控关系的 ChlPBase数据库，进行了差异miRNAs与TF的调控关系的分析，得到了301个差 异miRNAs与转录因子的调控对。最后将这些差异miRNAs综合多种生物信息学 工具分析得到的差异miRNA与靶基因、差异miRNA与长链非编码RNA以及差异 miRNA与转录因子的调控数据；用网络可视化 cytoscape软件来构建以差异 miRNA为中心的综合调控网络。接着对综合调控网络的进一步分析找出核心靶 标；另外对一些差异miRNA调控的靶基因进行了生物学信息注释数据库(the database for annotation，visualization and integrated discovery，DAVID)中I拘IKEGG (Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes)通路分析；再对核心靶标进行文献 挖掘等分析，继而找出综合调控网络中的核心差异miRNA。 lII 万方数据 摘要通过．卜述的多种生物信息学工具的综合分析，我们在急性B淋巴细胞白血病 摘要 通过．卜述的多种生物信息学工具的综合分析，我们在急性B淋巴细胞白血病 的GSE51908数据集中一共筛选出15个差异miRNAs，其中7个miRNAs表达上调， 8个miRNAs表达下调。再对综合调控网络进行核心靶标分析，在综合调控网络 中找到20个核心靶标，其中只有1个是长链非编码RNA XIST，其余的19个全部 都是转录因子，没有核心靶标是属于靶基因的。在核心靶标中PU．1转录因子， 据文献报道PU．1转录因子对造血干细胞谱系发育为淋巴系的选择过程中起着重 要的作用；其表达缺失可导致造血干细胞向淋巴系分化障碍；而且其表达紊乱 可使血细胞发育受阻并引发人类急性白血病。这些PU．1研究结果，说明我们分 析认为核心靶标在B．ALL的发生发展起到重要作用是相符合的。 从综合调控网络图明显得知，Hsa．miR．29a、hsa．miR．130a乔Nhsa．miR．181c 调控大量的长链非编码RNA，包括核心靶标lncR XIST。对核心靶标XIST文献分 析显示，XIST缺失会导致x染色体再激活(X．reactivation)，诱导许多x连锁基 因(X—linked gene)异常表达，其包括了低表达的造血调控因子女I]FLT3基因。另 外发现，转录因子阴阳子一1(Ying yang-I，YYl)在XIST序列上有特异的结合 位点，促使x染色体失活；hsa—miR一29a抑f制YYI表达，而且高表达YYI和NF B 能解除hsa．miR．29a的抑制。因此我