沙眼衣原体基因分型及omp1基因多态性研究-病原生物学专业论文.docxVIP

主要英文缩写词索弓全 主要英文缩写词索弓 全 称 中文名称 黼珧 amino acid 氰J^峻 base pair 碱J^刈 ，叭 bovine serum albumin 个I I。f rI撕I’I Chlamydia trachomatis 沙眦伙原伟 dcoxvnucldeoside lriphosphate 脱饥．储峻恢 敝 deo×yibonL【cleic acid 脱饥恢“lf{=女峻 dulbecco’s modified eagle medium DMEM fill胆墉猝j．L ，帅№帆m ethylene diamietetraacetic acid 乙．慨H已暖 etbidium bromide 澳化乙键 human immunodcficiency virus 人类免嫂缺m牺r!J kilodahon T通h-；c【l!jl major ou|er membrane protein 1喽外雌生I’I noll—gonococci urethritis }淋球曲 求通炎 nes[-polymcrase chain reaction 巢式聚合惭链反幔 phosophate—buffered saline 磷艟^k缓冲液 polyacrylamide gel clectrophoresis 埭Iq烯眦JJ☆凝JJ空I【l淋 BⅣ咪州叫眦峤w肿 restriction fragment leagth polymorphism 瞅坩PF J＼段K19_#态一n m revolutions per minute 俅分训啤々彀 sexually—transmitted disease rI：1￡捕跌蜘 篇瞰n篇篇≥嬲燃熙～黑一m腓 N．N．N，N-tctramethylet吣lenediamine N．N．N’．N’一l』U】}I JI{j[． 恢 11．IS Dis(hydmxymethyl)aminomethane ．(”l¨￡)铽j．圳l炕 VI)s variable protein domains 猫，蜓坐l 7Ik CDs CDs consistent protein domains 稳定蛋白区 Ala(A) almaine 丙氨酸 Thr(T) threonine 苏氨酸 Asn(N) asparagines 天门冬酰胺 Asp(D) aspartic acid 天(门)冬氨酸 Tyr(Y) tyrosine 酪氨酸 His(H) histidine 组氨酸 Gln(Q) glutamine 谷氨酰胺 Glu(E) glutamic acid 谷氨酸 Lys(K) lysine 赖氨酸 lie(I) isoleucine 异亮氨酸 Gly(G) glycine 甘氨酸 val(V) valine 缬氨酸 Met(M) methionine 蛋氨酸 Ser(S) serine 丝氨酸 2 沙眼衣原体基因分型及Ompl基因多态-陛研究硕士研究生： 沙眼衣原体基因分型及Ompl基因多态-陛研究 硕士研究生： 陈丽丽 导 师：吴移谋教授 中文摘要 目的研究从中国部分城市分离的沙眼衣原体临床株的基因型，通过测序及进化树分 析Ompl基因的多态性，掌握中国Ct感染的流行病学特征，为Ct疫苗的研制及ct 感染的防治提供实验依据。 方法从不同城市收集可疑的临床标本，用McCOY细胞培养，Ct阳性标本用于研 究。按文献设计特异性引物，巢式PCR扩增MOMP约980b口的基因片段(包括四 个变异区)，用内切酶AluI、MspI、EcoRI、DdeI酶切相应PCR产物，用3％琼 脂糖凝胶及18％聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。同时从GENEBANK中获得Ct各参考 株的Ompl基因序列，用DNA star软件分析目的片段的酶切位点，得到各参考株 上述四种内切酶的酶切图谱。根据各参考株与临床株的酶切图谱，将临床株分型。 随机选择部分临床株PCR产物双向测序，用Mega3软件构建进化树分析临床株与 各参考株之间的亲缘关系。 结果细胞培养301份阳性标本，PCR扩增出286份，其中湖南衡阳48例、上海 32例、广州52例、广东江门154例。RFLP分型检测，共检出10个基因型，分别 为E(30．8％)、J(23．8％)、D(17．5％)、F(10．5％)、G(6．2％)、H(3．5％)、K(2．8％)、 Ba(2．1％)、D“1．4％)和I(1．4％)型，并且不同城市间基因型的分布没有明显区别(P 0．05)。 对其中86份标本测序，BLAST及进化树分析发现，测序分型结果与RFLP结 果完全吻合，且发现28种基因变体，其中E、F型Ompl基因高度保守，而其它基 因型都显示一定的变异性。进化树分析发现，沙眼衣原体主要分为三群，且临床株