山羊STAT5A和STAT5B基因表达及遗传变异与其生长性状关联研究-动物遗传育种与繁殖专业论文.docxVIP

贵州大学 贵州大学 2015 届硕士研究生学位论文 万方数据 万方数据 本论文由 贵州省重大科技专项计划子项目 《牛羊基因定位及标记辅助选择研究》 (黔科合重大专项字[2011]6009 号) 资 助 目 录 摘 要 III Abstract IV 第一章 文献综述1 1.1 前言1 1.2 贵州三大地方品种山羊介绍2 1.2.1 贵州白山羊简介2 1.2.2 贵州黑山羊简介3 1.2.3 黔北麻羊简介4 JAK/STAT 信号通路 5 STAT5A 和 STAT5B 蛋白 7 1.5 分子遗传标记技术研究进展9 1.5.1 遗传标记技术9 1.5.2 分子遗传标记技术9 1.6 实时荧光定量 PCR 技术研究进展 11 1.7 研究目的和意义12 第二章 山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因多态性及其与生长性状关联研究 14 2.1 试验材料14 2.1.1 试验样本14 2.1.2 试验主要仪器设备14 2.1.3 试验主要试剂及溶液16 2.2 试验方法17 2.2.1 山羊生长性状指标的测定17 2.2.2 山羊基因组 DNA 的提取及检测 17 PCR 反应 19 SNPs 筛选及验证 23 2.2.5 数据统计分析25 2.3 结果与分析27 2.3.1 基因组 DNA 提取结果 27 2.3.228 2.3.3 山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因生物信息学分析 31 2.3.4 山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因多态位点与生长性状关联分析 41 2.3.5 PCR-SSCP 试验操作总结 58 第三章 贵州白山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因表达调控分析 59 3.1 试验材料59 3.1.1 试验样品59 3.1.2 试验主要仪器和设备59 3.1.3 试验主要试剂59 3.2 试验方法60 3.2.1 总 RNA 提取 60 3.2.2 总 RNA 的检测及反转录 60 3.2.3 引物设计61 I 3.2.4 Real-time PCR 反应 61 3.2.5 数据分析62 3.3 试验结果与分析62 3.3.1 总 RNA 的提取及完整性检测 62 3.3.2 Real-time PCR 扩增曲线和熔解曲线 63 3.3.3 STAT5A 和 STAT5B 基因在贵州白山羊不同年龄和组织中表达规律 64 Quantitative Real-time PCR 检测方法 67 Quantitative Real-time PCR 实验操作总结 68 第四章 讨论69 4.1 基因 SNP 位点的检查方法 69 4.2 生物信息学分析70 4.3 STAT5A 和 STAT5B 基因 SNPs 群体遗传结构及其与生长性状关联分析 71 4.3.1 STAT5A 基因 SNPs 群体遗传结构及其与生长关联分析 71 4.3.2 STAT5B 基因 SNPs 群体遗传结构及其与生长关联分析 72 4.4 贵州白山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因 mRNA 表达分析 73 第五章 结论75 5.1 实验结论75 5.2 研究创新点76 5.3 进一步需要开展的工作77 参考文献78 致 谢 86 附 录 88 原 创 性 声 明91 关于学位论文使用授权的声明91 II 摘 要 本研究以贵州省地方优良山羊品种——贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊 3 种山羊作为研究对象，试验山羊共计 337 只，利用 DNA 混合池、PCR-SSCP、 DNA 直接测序等方法研究 STAT5A 和 STAT5B 基因单核苷酸多态性，并分别研究 了不同山羊品种群体遗传结构、遗传多样性与生长性状的关联分析，以期得到普 遍适用于能显著提高山羊各品种个体生长性状的分子遗传辅助标记。同时，本研 究还利用 qPCR 技术分析了贵州白山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因在 9 个不同组织 中的表达。研究结果如下： 1 在三种山羊 STAT5A 和 STAT5B 基因中分别筛查到 3 个 SNPs 2 STAT5A 基因 C11447T 位点对贵州白山羊体高有显著影响，G14264A 位点对贵 州黑山羊体重、体高和胸围有显著影响，G14320A 位点对贵州白山羊体斜长、 管围和胸围及贵州黑山羊体重和胸围有显著影响（P0.05） 3 STAT5B 基因 T16159C 位点对贵州白山羊体重、体斜长、管围和胸