生物信息综合实验报告课件.docVIP

实验五 一：流程图设计 ： 我主要是分析流感病毒 h1n1。在 NCBI 中查找 h1n1 的相关文献，了解有关 h1n1 的基本知 识。再对 h1n1 的核苷酸序列以及蛋白质序列进行分析。大体过程如下： 用NCBI 查h1n1 的相关资料 下载核苷酸序列 h1n1polymerase pb1 下载h1n1 pb 及np蛋白质的部分序列 下载核苷酸序列 h1n1nucleocapsid protein 使用blast的结果显示 使用ExPASy 别进行蛋白质 用DNAMAN 软件查看两个序列的理 理化性质分析和比较 化性质，并进行比对；限制性酶切分 使用JPRED 分别进行蛋白质二级结构预测 用swiss-model 进行蛋白质三级结构预测 具体操作： 一：下载两条 h1n1 的核苷酸序列 1.进入网站 NCBI ： ，输入要查找的 h1n1 序列 2.将找到的序列以 FASTA 格式保存 二．用 blasta 对两条序列进行比对 三．用 dnaman 软件分析两条核苷酸序列 1.查看两条序列的理化性质 分析 h1n1polymerase pb1 分析h1n1nucleocapsid protein np 2.两条序列的比对： 3.Dna 酶切位点分析 h1n1polymerase pb1 h1n1 nucleocapsid protein np 4.两序列同源性分析 5.引物设计： h1n1polymerase pb1 另外一条序列的设计同上。 四．利用 NCBI 将核苷酸序列翻译为蛋白质序列 进入 NCBI 网站，点 ORF finder ，把核苷酸序列输入 五．在 NCBI 中查看蛋白质序列的二级结构或用 Jpred 分析二级结构 也可用 Jpred 进行二级结构的预测 六．用 SWISS-MODEL进行蛋白质三级结构预测 用 Swiss-Pdb Viewer 软件作的球棍模型