计算机辅助药物分子设计-分子对接.ppt

2、分子对接算法 C、结合能计算 （3）配体和受体的构象变化 不同的对接方法采用不同的近似 （Ntor 可旋转键的个数） Autodock提供粗略的计算方法 2、分子对接算法 3、结合能计算 如何有效地计算与距离相关的参数？ （1）配体与受体之间的相互作用 （2）配体和受体的去溶剂化过程 （3）配体和受体（主要是活性位点处的残基）的构象变化。 2、分子对接算法 3、结合能计算 （4）格点计算方法 表面接触匹配的格点值（重原子数目） 静电得分的格点值（静电势） 范德华得分的格点值（范德华参数） C、结合能计算 （4）格点计算方法 2、分子对接算法 Autodock中利用格点法计算范德华相互作用 如果配体分子中含有C、O和H三种原子类型，那么在每个格点上就需要 用三个探针原子来计算探针原子与受体之间的范德华相互作用值。当配体和 受体进行分子对接时，配体中某个原子和受体之间的相互作用能通过周围8个 格点上的这种原子类型为探针的格点值用内插法得到。 分子对接需要解决的三个问题： （1） 底物分子能否与受体分子结合 （2） 底物分子与受体分子结合的最优构象 （3） 底物分子与受体分子结合的强弱 1、基于最大团搜索方法: “圆球对圆球” 2、基于几何哈希表方法：“数据检索” 3、基于形态聚类方法：“三角对三角” 1、贪心算法: “分而治之