肿瘤科研项目介绍课件.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 肿瘤科研项目介绍 * 肿瘤突变生物信息分析流程简介 成果一 2 成果三 成果四 目录 1 2 3 科研项目结果展示 肿瘤组织突变检测原理 * 肿瘤组织突变检测原理 * 肿瘤组织突变检测原理 * 肿瘤组织突变检测原理 体细胞突变（ Somatic mutation） 是指除生殖细胞以外的体细胞所发生的突变，是发生在正常机体细胞中的突变，如发生在皮肤和器官。体细胞突变既不遗传自亲本，也不会遗传给后代，却可以引起当代某些细胞的遗传结构发生改变。 体细胞突变，特别是其中的驱动突变（ Driver mutation）对解释肿瘤的发生和发展具有非常重要的意义，另一方面肿瘤耐药性的产生也与体细胞突变有关。因此，关注体细胞突变是肿瘤基因组研究的重心，也是肿瘤基因组研究区别于疾病研究的一个特性。 * 肿瘤组织突变检测原理 CNV :拷贝数变异（ Copy number variation）表现为基因组片段的拷贝数增加或者减少，是基因组结构变异（Structural variation, SV）的重要组成部分，可分为缺失（ Deletion）和重复（ Duplication）两种类型，是一种重要的分子机制。 SV :染色体结构变异（Structural variation）主要表现形式有缺失（ Deletions）、插入（Insertions）、倒位（Inversion）、染色体内易位( Intra-chromosomal translocations )，染色体间易位(Inter-chromosomal translocations CTX)等不同形式。 CNV (SNV) 能够导致包括癌症在内的复杂疾病，对于染色体水平的缺失、扩增的研究已经成为肿瘤研究热点。 * 肿瘤组织突变检测原理 * 肿瘤组织突变检测原理 肿瘤的分类 根据肿瘤存在的方式，可将肿瘤分为实体瘤和非实体瘤。 一）实体瘤即有形瘤，常形成明确的肿块，主要应用以外科为主的综合治疗。如淋巴瘤、骨髓瘤、甲状腺瘤等。 肿瘤组织：肿瘤部位的新鲜组织 对 照 ：全血（白细胞） 二）非实体瘤大多为血液系统恶性肿瘤，在临床上常无明确的肿块，X线、CT扫描，B超及触诊无法看到，治疗也以化疗为主。如白血病等。 肿瘤组织：全血 对 照：唾液 * 肿瘤组织突变检测原理 * 肿瘤高通量生物信息分析流程简介 第一步：质控、比对 Raw Data Clean Data Sort.bam Rmdup.bam Fastq-Mcf Picard BWA QC Mapping Rm dup 第三步：数据库关联注释 1）Normal Database 2）Cosmic 3）HGMD 4）SIFT,pp2… 第二步：配对分析，突变检测 Somatic SNV Varscan Crest Contra/Cnvkit Somatic InDel Somatic CNV Somatic SV Tumor-Normal * 肿瘤高通量生物信息分析流程简介 * 肿瘤高通量生物信息分析流程简介 1) SNV/ InDel 分析 * 肿瘤高通量生物信息分析流程简介 2）CNV 分析 * 科研项目结果展示 Somatic Mutation Filter FP Filter Data 突变图谱分析 通路富集分析 卡方检验、Fisher 精准检验 基因组变异circos图展示 基因突变频率分析 聚类分析、PCA… 分组 Recurrent 基因筛选析 1）保留somatic突变 2）质控，Mutcount_T，Ratio_T 3）参考Cosmic 数据库，过滤正常人数据库突变频率，突变类型synonymous）、突变区域（intronic，UTR） 4）Pseudogene过滤，NBPF家族、USP17L家族、MUC4等 5）查看bam文件 * 科研项目结果展示 * 科研项目结果展示 反应癌症的点突变类型的偏好以及肿瘤样本在点突变水平上的相似程度 突变图谱分析 * 科研项目结果展示 通路富集分析 Category pathway Count PValue FDR Genes KEGG_PATHWAY Hsa04115：p53 signaling pathway 3 0.0016916 0.00613 TP53, ATM,CCND1 * 科研项目结果展示 基因组变异circos图 * 科研项目结果展示 卡方检验、Fisher 精准检验 data: myfisher p-value = 0.01499 alternative hypot