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进入ncbi网站 /
进入 BLAST比对
下拉页面进入
上面的对话框里输入标准序列
下面的对话框输入测序序列:
Oligo软件:Edit——Enter sequence,如此即可复制序列
点击
即可出现结果:
如果发现有碱基突变:
3. 打开Primer Premier 5.exe
File——new——DNA sequence
将标准序列以及测序序列输入编辑框
标准序列就用As is (正向序列)
点击
Standard——OK
即可生成氨基酸序列。
测序样品在输入时,由于测序结果是反向序列,要选择reverse complemented
将以上两段序列粘贴至一个txt文本中,自命名,放置在clustalx1.83文件夹下面
4.打开clustalx1.83软件
——File——load sequence
选择刚刚保存的txt氨基酸序列文件
经过比对,没有氨基酸的突变,即可进行下一步实验
注意:
在blast比对时,返回上一级页面需要点击blastn suite-2sequences
在比对时如果出现碱基缺失如下
由于碱基缺失会导致移码,则次测序结果不可使用。
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